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中国最好大学排名的指标体系由9项指标构建。其中人才培养方面2项，即反映生源质量和人才培养声誉的“新生高考成绩”、反映培养结果的“毕业生就业率”；科学研究方面4项，分别是体现科研规模的“论文数量”、体现科研质量的“论文质量”、体现顶尖成果的“高被引论文”、体现顶尖人才的“高被引学者”；服务社会方面3项，包括测量科技服务贡献的“企业科研经费”、测量产学研合作的“校企合作论文”、测量成果转化效益的“技术转让收入”。其中，排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus。 中国最好大学排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus，爱思唯尔集团科研解决方案内容与分析全球总监 M\'hamed Aisati先生指出，“中国在科研产出和科研影响力方面持续增长，爱思唯尔旗下的Scopus数据库和Scival分析工具可以全方位评价高校的科研表现，我们将中国高校的有关数据提供给在大学排名领域具有国际影响力的上海软科来开发\'中国最好大学排名’，希望排名结果对中国高校实施战略管理和制定科研 排名还包括了对高校服务经济发展的能力和效果的评价。 上海交通大学高等教育研究院院长刘念才教授认为，“中国最好大学排名和大多数排名相比的一个显著优势是公布了排名的原始数据，使得排名完全透明，体现了排名团队对排名结果负责、主动接受外界检验的严谨态度，也提高了排名结果的参考价值，值得称赞”。
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