 引言
在《自闭症新希望》一文中提到自闭症不是单一的大脑的问题，而是一系列全身的问题，接下来我们将把自闭症发病相关的一系列因素逐一进行探讨。
1、肠道菌群自闭症
多项相关研究均发现，与对照组儿童相比，自闭症儿童在婴儿期过量使用了口服抗生素，通常是为了治疗耳部感染（可能意味着免疫系统受损）。
常用的口服抗生素几乎消灭了所有正常的肠道菌群，这些菌群对于消化植物多糖，促进胃肠蠕动，保持水分平衡，制造维生素，和对抗有害菌群起着非常重要的作用。
由Sandler等人进行的一项研究发现，非吸收性抗生素(万古霉素)在肠道功能和行为方面有暂时性的功效，但是当治疗停止后则功效消失。
这种结果可能是由于抗生素对梭状芽孢杆菌或其它菌群产生的孢子无效的原因。这个研究揭示了肠道菌群的失衡非常重要，长期治疗非常困难。
2、肠道菌群研究
以往，很难评估肠道菌群，因为每个人的肠道大约有1000种不同的菌群，而且用标准化培养方法只能评估几十种。然而，新的基于DNA的方法可以快速提升菌群的评估能力。
两个由Finegold等人所做的小型研究发现了一些有限的线索，厌氧菌的失衡导致梭状芽孢杆菌的增加。他们没有做需氧革兰氏阴性杆菌（AGNB）测试。一个由Parracho等人所做的研究也发现了梭状芽孢杆菌的增加。
一项针对58个自闭症儿童和39个对照组儿童进行的研究发现肠道问题的严重程度高度对应于自闭症的严重程度。有肠道问题的儿童在ATEC量表中的语言，社交，感觉认知和健康/身体行为方面的分数更差。那项研究发现一些肠道菌群的失衡，包括自闭症儿童和对照组儿童相比双歧杆菌水平的低下。然而，他们在粪便中没有发现酵母菌的升高（用微生物培养或显微镜方法）。
已经进行了两项基于DNA方法的肠道菌群研究，但是取得了不类似的结果，需要进行更大型的研究。一项研究（Finegold等人2011）发现自闭症儿童有较高水平的脱硫弧菌，另一项研究（Williams等人2012）发现23个自闭症儿童中一半有萨特菌群（Sutterela），而在对照组的9名儿童中则没有发现任何一人有该种菌群。
总结
上面的研究说明自闭症患儿的肠道菌群与正常儿童有所不同，通过改变肠道的菌群显示了一定的作用。所以说自闭症不是单纯的遗传问题，也不是单纯的大脑问题。肠道菌群的改变是其中的原因之一。
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