2016年1月初，新疆巴音郭楞蒙古自治州（以下简称巴州）和静县国税局在日常税源管理工作中，发现于该县注册登记的4户中药材企业存在虚开发票疑点。按照风险疑点应对规定，和静县国税局及时将线索反映至巴州国税局稽查局。经初步分析后，巴州国税局稽查局在征管、货劳等部门的支持下，利用上线不久的金税三期系统，对辖区所有中药材销售、种植企业展开详细筛选，累计发现13户疑点企业，涉及6个县、市。
稽查人员通过金税三期稽查业务模块，对疑点纳税人的登记注册、生产经营、申报缴税等信息开展进一步分析，发现13户企业注册登记资料中法定代表人与财务负责人的户籍信息均为同一地区，且拥有共同姓氏或彼此存在亲戚关系。13户企业集中于2015年下半年在巴州各县登记注册，但收购、加工、销售业务均发生在外地，属“两头在外”型企业，且经营范围大致相似。仅注册于和硕、和静、博湖、轮台4县的8户疑点企业即已开具增值税专用发票7932万元，且受票方集中在江西、江苏等地，存在重大虚开发票嫌疑。
初步掌握案件线索后，稽查人员按照管查互动机制，与征管部门联合在金税三期运行维护平台上发布通知，要求巴州各县市国税局对疑点纳税人停止供应发票，收回其空白发票，及时上报、反馈新发现疑点线索。与此同时，巴州国税局稽查局与当地公安经侦大队取得联系，抓紧召开联席会议，通报详细案情，共同商讨、部署联合办案工作。
在税警密切配合下，和硕县公安机关迅速出击，将正准备外逃1名犯罪嫌疑人羁押在案。通过突击审讯，犯罪嫌疑人对违法事实供认不讳，为下一步取证提供了重要线索和有利证据。元旦刚过，巴州国税局、公安局组成联合外调组，奔赴江西等地外调取证。
经不懈努力，1月17日，联合外调组传来捷报，已证实江西受票企业通过资金回流方式，在没有真实货物交易情况下取得和硕县中药材企业开具的增值税专用发票抵扣进项税额。至此，巴州系列中药材企业虚开增值税专用发票案证据链已基本形成。
目前，巴州公安机关已报捕1人，该系列案仍在继续查办中。
“‘金三’系统就是稽查干部的手中长剑！”巴州国税局稽查局局长张仕民在谈到新近上线的金税三期系统时说，“在案件查办中，‘金三’系统具有数据集中、便于筛查、高度整合和利于分析的优势，如同给了稽查干部一把利剑，帮助我们大大提高了稽查效率，有力打击了涉税违法犯罪活动。”
