柑橘根系的主要功能是将树体固定在土壤中，吸收水分，矿物质；分泌有机酸，使土壤中难溶于水的物质变成易溶于水的物质，便于根系吸收；合成生长激素；储存营养物质；繁殖新植株。
柑橘根系主要分布在距地表10--50厘米的土壤中，约占总根量的80%以上，尤其树冠滴水附近的土壤中分布最为密集。
柑橘根系具有内生菌根,即菌根真菌的菌丝体内连根的皮层组织中,外通根际土壤.拒观察,一立方厘米的柑橘根系土壤中可找到菌丝体长达50多米,这就大大提高了根系的吸收能力,特别是提高了对磷的利用率.我国红土壤因为磷被固定,柑橘园呈普遍缺磷的现象,如果接种菌根真菌,可显著提高柑橘对磷肥的利用率。
柑橘根系与地上部是相互依存的,促进和对称的关系.根系吸收水分和无机养分供叶片进行光合作用,制造有机养分;叶片制造的有机养分又反供根系生长.所以根系发达,地上部也就能枝叶繁茂.根系生长与抽梢是交替进行的,如根系第一次生长高峰是早春梢停止生长后至夏梢抽生前;第二次在夏梢抽生后;第三次是在秋梢停止生长之后至果实成熟期。一般根系与树冠的生长呈对称状,如果垂直根系发达,则地面部分的直立性就强,因而枝叶徒长,开花结果迟;水平根广而须根发达时,则树冠开张,形势中庸,有利于花牙形成,可提早开花结果,并获得高产.当门部位的根系损伤或枯死,其相应部位的生长势也减弱,如对枝干进行重修剪,想对称的根系生长比让受到影响.结果过多,则抑制新根发芽。
总之,深翻土,多施肥,造成疏松的土壤,培养深广密的根系,是柑橘丰产、稳产、优产的基础。
