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伤寒杂病论是方书之祖，原本是属于方书之书的其中之一，并未得到很大的重视，是后世运用其方剂，及其辩证思维，在治疗疾病上取得很大功效，所以地位才不断的提升，直到成为中医的四大经典。可是在流传时该书被一分为二，分为伤寒论与金匮要略，分而治之，自古至今，因为伤寒论的架构完整，以致功效卓著，所以难免重伤寒而轻金匮，金匮是讲内伤杂病，但是杂病种类繁复，金匮所包含的不足以应付临床。
伤寒杂病论的编排方式与今天所见是不同的，仲景原来把此书分为三部份，伤寒、金匮、方剂。书中所用的方剂单独成篇，各证之下是有方剂名称，而无详细组成，这样翻阅不易，所以叔和重编就改成现在这样子。又因为仲景书中的方剂并非其首创、独创，是采撷上古原有的方剂书而来的，例如汤液经。所以可透过仲景方的整理回复原来面貌，在分类过程还可以看到各类方的奇妙加减，以及可从药剂去反推，除了治疗原有的证之外，还有没有可以应用于现在的问题的，摸索新的治疗规律。
把伤寒金匮全部集合在一起，然后依方剂或是主药分类，这样就可以避免只研究伤寒方的不足，也可以更深入的追索仲景的更多想法，也可看出仲景方药的不足，也可比对出独崇附子的狭隘。
桂枝汤：
桂枝汤；桂枝、芍药、甘草、生姜、大枣。
桂枝去芍药汤；桂枝汤、去芍药。
桂枝去芍加附子汤；桂枝汤、去芍药、加附子。
桂枝加桂汤；桂枝汤、加桂二两。
桂枝加芍药汤：桂枝汤、加芍药。
桂枝加附子汤；桂枝汤、附子。
桂枝加黄耆汤：桂枝汤、加黄耆。
新加汤：桂枝加芍药生姜各一两、人参一两
桂枝加大黄汤：桂枝汤、加大黄。
瓜蒌桂枝汤：桂枝汤、加瓜蒌根。
桂枝加葛根汤：桂枝汤、加葛根。
小建中汤：桂枝汤、加饴糖。
小建中汤：桂枝、芍药、大枣、甘草、饴糖。
黄耆建中汤：小建中汤、加黄耆。
桂枝加厚朴杏仁汤；桂枝汤、加厚朴、杏仁。
黄耆桂枝五物汤：黄耆、桂枝、芍药、生姜、大枣。
桂枝去桂加茯苓白朮汤：芍药、生姜、大枣、甘草、茯苓、白朮。
桂枝救逆汤：桂枝、生姜、大枣、甘草、龙骨、牡蛎、蜀漆。
桂枝去芍加麻黄细辛附子汤：桂枝、生姜、大枣、甘草、麻黄、细辛、附子。
桂枝麻黄各半汤：桂枝、麻黄、杏仁、芍药、甘草。
桂枝二麻黄一汤：桂枝、麻黄、杏仁、芍药、甘草。
桂枝二越婢一汤：桂枝、麻黄、芍药、生姜、大枣、甘草、石膏。
桂枝甘草汤：桂枝、甘草。
桂枝甘草龙骨牡蛎汤：桂枝、甘草、龙骨、牡蛎。
桂枝加龙骨牡蛎汤：桂枝汤、加龙骨、牡蛎。
桂枝生姜枳实汤：桂枝、生姜、枳实。
黄耆芍桂苦酒汤：黄耆、芍药、桂枝、苦酒。
麻黄汤：
甘草麻黄汤：麻黄、甘草。
麻黄附子汤：麻黄、附子、甘草。
麻黄附子甘草汤：麻黄、附子、甘草。
麻黄附子细辛汤：麻黄、附子、细辛。
麻黄汤：麻黄、桂枝、杏仁、甘草。
麻黄加朮汤：麻黄汤、加白朮。
麻黄杏仁薏苡甘草汤：麻黄、杏仁、甘草、薏苡仁。
麻黄杏仁甘草石膏汤：麻黄、杏仁、甘草、石膏。
大青龙汤：麻黄、桂枝、杏仁、石膏、甘草、生姜、大枣。
文蛤汤：麻黄、文蛤、杏仁、石膏、甘草、生姜、大枣。
小青龙汤：麻黄、桂枝、半夏、芍药、甘草、干姜、细辛、五味子。
小青龙加石膏汤：小青龙汤、加石膏。
厚朴麻黄汤：厚朴、麻黄、杏仁、石膏、半夏、干姜、细辛、五味子、小麦。
射干麻黄汤：射干、麻黄、半夏、紫苑、款冬花、生姜、细辛、五味子、大枣。
越婢汤：麻黄、石膏、生姜、大枣、甘草。
越婢加朮汤：越婢汤、加白朮。
越婢加半夏汤：麻黄、石膏、生姜、大枣、甘草、半夏。
葛根汤：葛根、麻黄、桂枝、芍药、生姜、大枣、甘草。
葛根加半夏汤：葛根汤、加半夏。
麻黄连翘赤小豆汤：麻黄、连翘、赤小豆、杏仁、梓白皮、生姜、大枣、甘草。
麻黄升麻汤：麻黄、升麻、桂枝、芍药、白朮、茯苓、干姜、甘草、当归、天冬、玉竹、黄芩、石膏、知母。
去瘀血汤：
下瘀血汤：大黄、桃仁、蟅虫。
抵当汤；水蛭、虻虫、桃仁、大黄。
抵当丸：水蛭、虻虫、大黄、桃仁。
桃仁承气汤；桃仁、桂枝、大黄、芒硝、甘草。
大黄牡丹皮汤：大黄、牡丹、桃仁、瓜子、芒硝。
桂枝茯苓丸：桂枝、茯苓、芍药、丹皮、桃仁。
代抵当汤；桃仁、归尾、生地、大黄、玄明粉、肉桂、穿山甲。
大黄蟅虫丸：大黄、桃仁、虻虫、水蛭、黄芩、甘草、杏仁、芍药、干地黄、干漆、蛴螬、蟅虫。
红蓝花酒：红蓝花、酒。
赤豆当归散：当归、赤小豆。
四物汤：
胶艾四物汤：阿胶、艾草、当归、川芎、芍药、干地黄、甘草。
当归散：当归、芍药、川芎、白朮、黄芩。
当归芍药散：当归、芍药、川芎、白朮、茯苓、泽泻。
温经汤：吴茱萸、人参、生姜、大枣、当归、川芎、芍药、麦冬、桂枝、半夏、丹皮、阿胶。
当归贝母苦参丸：当归、贝母、苦参。
当归生姜羊肉汤：当归、生姜、羊肉。
茯苓饮：
五苓散；茯苓、猪苓、白朮、泽泻、肉桂。
茵陈五苓散：五苓散、加茵陈。
猪苓散：猪苓、茯苓、白朮。
猪苓汤：猪苓、茯苓、泽泻、滑石、阿胶。
茯苓桂枝白朮甘草汤：茯苓、桂枝、白朮、甘草。
茯苓泽泻汤：茯苓、桂枝、白朮、甘草、生姜、泽泻。
茯苓桂枝五味甘草汤：茯苓、桂枝、甘草、五味子。
茯苓甘草汤：茯苓、桂枝、甘草、生姜。
茯苓桂枝甘草大枣汤：茯苓、桂枝、甘草、大枣。
甘草干姜茯苓白朮汤：茯苓、白朮、甘草、干姜。
茯苓杏仁甘草汤：茯苓、杏仁、甘草。
苓甘五味姜辛汤：茯苓、甘草、干姜、细辛、五味子。
桂苓五味甘草去桂加姜辛夏汤：茯苓、甘草、干姜、细辛、五味子、半夏。
苓甘五味加姜辛半夏杏仁汤：茯苓、甘草、干姜、细辛、五味子、半夏、杏仁。
防己地黄汤：防己、地黄、防风、桂枝、甘草。
防己茯苓汤：防己、茯苓、黄耆、桂枝、甘草。
防己黄耆汤：防己、黄耆、白朮、甘草。
木防己汤：木防己、桂枝、人参、石膏。
木防己去石膏加茯苓芒硝汤：木防己、桂枝、人参、茯苓、芒硝。
己椒苈黄丸：防己、椒目、大黄、葶苈。
葵子茯苓散：二味。
茯苓戎盐汤：二味。
泻心汤：
大黄黄连泻心汤：大黄、黄连。
泻心汤：大黄、黄连、黄芩。
附子泻心汤：大黄、黄连、黄芩、附子。
半夏泻心汤：半夏、干姜、人参、大枣、甘草、黄连、黄芩。
黄连汤：半夏、干姜、人参、大枣、甘草、黄连、桂枝。
甘草泻心汤：半夏、干姜、人参、大枣、甘草、黄连、黄芩、甘草。
生姜泻心汤：半夏、干姜、人参、大枣、甘草、黄连、黄芩、生姜。
黄芩汤：黄芩、芍药、大枣、甘草。
黄芩加生姜半夏汤：黄芩、芍药、大枣、甘草、半夏、生姜。
干姜黄芩黄连人参汤：干姜、黄芩、黄连、人参。
葛根黄连黄芩汤；葛根、黄连、黄芩、甘草。
黄连阿胶汤：黄连、黄芩、白芍、鸡子黄、阿胶。
理中丸：补脾
理中丸：人参、白朮、干姜、甘草。
人参汤：人参、白朮、干姜、甘草。
桂枝人参汤；人参、白朮、干姜、甘草、桂枝。
炙甘草汤：炙甘草、生姜、大枣、人参、桂枝、麻仁、生地、麦冬、阿胶、清酒。
吴茱萸汤：吴茱萸、人参、生姜、大枣。
大建中汤：蜀椒、干姜、人参、胶饴。
枳朮汤：枳实、白朮。
白朮散：白朮、川芎、牡蛎、蜀椒。
黄土汤：灶中黄土、甘草、干地黄、白朮、附子、阿胶、黄芩。
四逆汤：补肾阳
干姜附子汤：附子、干姜。
甘草干姜汤：干姜、甘草。
四逆汤：附子、干姜、甘草。
茯苓甘草附子汤：附子、茯苓、甘草。
茯苓四逆汤：附子、干姜、茯苓、甘草、人参。
通脉四逆汤：附子、干姜、甘草、葱白。
白通汤：附子、干姜、葱白。
白通加人尿猪胆汁汤：附子、干姜、葱白、人尿、猪胆汁。
真武汤：附子、茯苓、白朮、芍药、生姜。
附子汤：附子、茯苓、白朮、芍药、人参。
桂枝附子汤：桂枝、附子、生姜、大枣、甘草。
白朮附子汤：白朮、附子、生姜、大枣、甘草。
甘草附子汤：附子、桂枝、白朮、甘草。
天雄散：天雄、桂枝、白朮、龙骨。
当归四逆汤：桂枝、芍药、大枣、甘草、当归、细辛、通草。
当归四逆加吴茱萸生姜汤：当归四逆汤、加吴茱萸、生姜。
薏苡附子散：附子、薏苡仁。
意苡附子败酱散：附子、薏苡仁、败酱草。
乌头煎：乌头、蜜。
赤丸：乌头、细辛、半夏、茯苓。
乌头桂枝汤：乌头、加桂枝汤。
乌头汤：乌头、麻黄、黄耆、芍药、炙甘草。
乌头赤石脂汤：乌头、赤石脂、附子、干姜、蜀椒。
肾气丸：干地黄、淮山、山茱萸、茯苓、泽泻、丹皮、桂枝、附子。
薯蓣丸：薯蓣、当归、神曲、干地黄、豆黄卷、甘草、人参、川芎、芍药、白朮、麦冬、杏仁、柴胡、桔梗、茯苓、阿胶、干姜、白蔹、防风、大枣。
大黄承气汤：
大黄甘草汤：大黄、甘草。
大黄附子汤：大黄、附子、细辛。
调胃承气汤：大黄、芒硝、甘草。
小承气汤：大黄、厚朴、枳实。
厚朴三物汤：大黄、厚朴、枳实。
厚朴大黄汤：大黄、厚朴、枳实。
大承气汤：大黄、厚朴、枳实、芒硝。
厚朴七物汤：大黄、厚朴、枳实、桂枝、生姜、大枣、甘草。
脾约丸：大黄、厚朴、枳实、芍药、杏仁、麻仁。
十枣汤；芫花、甘遂、大戟、大枣。
甘遂半夏汤：甘遂、半夏、芍药、甘草、蜜。
大黄甘遂汤：大黄、甘遂、阿胶。
大陷胸汤；大黄、芒硝、甘遂。
大陷胸丸；大黄、芒硝、甘遂、葶苈、杏仁、白蜜。
柴胡汤：
小柴胡汤：柴胡、人参、半夏、黄芩、生姜、大枣、甘草。
柴胡加芒硝汤：小柴胡汤、加芒硝。
柴胡桂枝汤：小柴胡汤、加桂枝、白芍。
柴胡加龙骨牡蛎汤：柴胡、人参、半夏、生姜、大枣、龙骨、牡蛎、桂枝、茯苓、大黄、铅丹。
四逆散：柴胡、枳实、芍药、甘草。
大柴胡汤：柴胡、半夏、黄芩、大枣、生姜、大黄、枳实、白芍。
柴胡桂枝干姜汤：柴胡、桂枝、干姜、黄芩、甘草、牡蛎、瓜蒌根。
茵陈汤：
茵陈蒿汤：栀子、大黄、茵陈。
栀子大黄汤：栀子、大黄、枳实、豆豉。
大黄硝石汤：栀子、大黄、黄柏、硝石。
硝石矾石散：硝石、矾石。
栀子汤：
栀子干姜汤：栀子、干姜。
栀子生姜豉汤：栀子、生姜、豆豉。
栀子厚朴汤：栀子、厚朴、枳实。
栀子豉汤：栀子、豆豉。
栀子甘草豉汤：栀子、豆豉、甘草。
枳实栀子豉汤：栀子、豆豉、枳实。。
栀子柏皮汤：栀子、黄柏、甘草。
白虎汤：
白虎汤：知母、石膏、甘草、粳米。
白虎加桂枝汤：白虎汤、加桂枝。
白虎加人参汤：白虎汤、加人参。
竹皮大丸：生竹茹、石膏、白薇、桂枝、甘草。
竹叶石膏汤：竹叶、石膏、半夏、人参、甘草、天冬、梗米。
半夏汤：
半夏干姜汤：半夏、干姜。
小半夏汤：半夏、生姜。
小半夏加茯苓汤：半夏、生姜、茯苓。
苦酒汤：半夏、鸡子。
大半夏汤：半夏、人参、白蜜。
半夏麻黄汤：半夏、麻黄。
半夏散及汤：半夏、桂枝、甘草。
小陷胸汤：半夏、瓜蒌实、黄连。
附子梗米汤：半夏、大枣、甘草、梗米、附子。
麦门冬汤：半夏、大枣、甘草、梗米、麦门冬、人参、大枣。
厚朴生姜甘草半夏人参汤：半夏、厚朴、生姜、甘草、人参。
半夏厚朴汤：半夏、厚朴、生姜、茯苓、干苏叶。
橘皮汤：橘皮、生姜。
橘枳姜汤：橘皮、生姜、枳实。
橘皮竹茹汤：橘皮、生姜、大枣、甘草、人参、竹茹。
瓜蒌薤白白酒汤：瓜蒌、薤白、白酒。
瓜蒌薤白半夏汤：瓜蒌实、薤白、白酒、半夏。
瓜蒌薤白桂枝汤：瓜蒌、薤白、桂枝、厚朴、枳实。
单一小方：
芍药甘草汤：芍药、甘草。
桔梗汤：桔梗、甘草。
泽泻汤：泽泻、白朮。
甘草汤：甘草。
赤石脂禹余粮汤：赤石脂、禹余粮。
百合知母汤：百合、知母。
滑石代赭汤：滑石、代赭石、百合。
百合鸡子汤：百合、鸡子。
百合地黄汤：百合、地黄。
百合滑石散：百合、滑石。
枳实芍药散：枳实、芍药。
桃花汤：赤石脂、干姜、梗米。
甘麦大枣汤：甘草、小麦、大枣。
蒲灰散：蒲灰、滑石。
滑石白鱼散：滑石、白鱼、乱发。
猪膏发煎：猪膏、乱发。
紫参汤：紫参、甘草。
诃梨勒散：诃梨勒。
鸡屎白散：鸡屎白。
蜘蛛散：蜘蛛、桂枝。
甘草粉蜜汤：甘草、粉、蜜。
矾石丸：矾石、杏仁。
蛇床子散：蛇床子。
狼牙汤：狼牙。
蜀漆散：蜀漆、云母、龙骨。
蜜煎导法：蜜。
猪胆导法：猪胆。
瓜蒂散：甜瓜蒂、赤小豆。
苦参汤：苦参。
矾石汤：矾石。
皂荚丸：皂荚。
文蛤散：文蛤。
猪肤汤：猪肤。
单一大方：
升麻鳖甲汤：升麻、鳖甲、当归、川芎、甘草、雄黄。
鳖甲煎丸：鳖甲、…………。
侯氏黑散：菊花、白朮、细辛、茯苓、牡蛎、桔梗、防风、人参、矾石、黄芩、当归、干姜、川芎、桂枝。
风引汤：龙骨、牡蛎、白石脂、赤石脂、紫石英、石膏、寒水石、滑石、大黄、干姜、桂枝。
奔豚汤：甘草、川芎、当归、芍药、半夏、甘李根白皮、葛根、黄芩、生姜。
其他：
旋覆代赭石汤：旋覆花、代赭石、人参、半夏、生姜、大枣、甘草。
白头翁汤：白头翁、黄连、黄柏、秦皮。
白头翁加甘草阿胶汤：白头翁、加甘草、阿胶。
酸枣仁汤：酸枣仁、甘草、茯苓、川芎、知母。
乌梅丸：乌梅、细辛、干姜、附子、蜀椒、桂枝、人参、当归、黄柏、黄连。
牡蛎泽泻汤：牡蛎、泽泻、蜀漆、葶苈子、商陆根、瓜蒌根、海藻。
泽漆汤：泽漆、半夏、白前、生姜、桂枝、黄芩、人参、紫参、甘草。
葶苈大枣泻肺汤：葶苈子、大枣。
旋覆花汤：旋覆花、葱、新绛。
瓜蒌瞿麦丸：瓜蒌根、瞿麦、茯苓、淮山、附子。
柏叶汤柏：柏叶、干姜、艾。
王不留行散：王不留行、塑翟细叶、桑东南根白皮、甘草、蜀椒、黄芩、干姜、厚朴、芍药。
排脓散：枳实、芍药、桔梗、鸡黄。
竹叶汤：竹叶、葛根、防风、桔梗、桂枝、生姜、大枣、甘草、人参、附子。
土瓜根散：土瓜根、芍药、桂枝、蟅虫。
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