source("<a href="http:///biocLite.R")" target="_blank">http:///biocLite.R") biocLite("qvalue") library(qvalue) data(hedenfalk) qobj <- qvalue(hedenfalk) summary(qobj,cut=c(0.01,0.05)) qplot(qobj) qwrite(qobj, filename="myresults.txt") Bioconductor's qvalue package.pdf 本文引用地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-452120-786447.html FDR校正后的p-value,即q-value用FDR错误控制法对p-value作多重假设检验校正FDR错误控制法是Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了R个差异表达的基因,其中有S个是真正有差异表达的,另外有V个其实是没有差异表达的,是假阳性的。实践中希望错误比例Q=V/R平均而言不 能超过某个预先设定的值(比如0.05),在统计学上,这也就等价于控制FDR不能超过5%. |
|