六扇门不是职能部门,只是对县衙之类的统称（因为衙门外面就是安装了六扇门）.
锦衣卫，是皇帝的侍卫机构。前身为太祖朱元璋时所设御用拱卫司。明洪武二年(1369年)改设大内亲军都督府，十五年设锦衣卫，作为皇帝侍卫的军事机构。锦衣卫的首领称为指挥使（或指挥同知、指挥佥事），一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，一个顿号，基本上把锦衣卫分成两个截然不同的部门。负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样，其中比较著名的为“大汉将军”。这些人虽名位“将军”，其实只负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作，说白了，就是是在皇宫大殿上的桩子。当然，这些“桩子”也非等闲之辈，一般都是牛高马大，虎背熊腰，而且中气十足，声音宏亮，从外表上看颇有威严，对不了解明廷底细的人有一定震慑作用。大汉将军在锦衣卫中自成一营，初期约有1500人，到明末，由于官僚机构的膨胀，大汉将军也一度增加到5000余人。
至于“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它为什么能为人们牢牢记住的原因。其实朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来卤簿仪仗，但后来由于他大肆屠戮功臣，感觉传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手，于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”（大家对这个名词一定很熟悉）。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
锦衣卫另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖制度始自明朝，是皇帝用来教训不听话的士大夫的一项酷刑。一旦哪位倒霉官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点午门。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右早已严阵以待。受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示地掌握受刑人的生死
东厂、西厂是官署名,东厂系明永乐十八年(1420年)设立于北京东安门北，西厂系明成化十三年(1477年)设于旧灰厂，东厂和锦衣卫是有较大区别的，而西厂更是前后只存在了不到十年
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审；朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动；一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看；甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便的多。
在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但宪宗由此深感侦刺力量的不足。于是他身边机灵的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。
几个月后，宪宗成立了一个新的内廷机构——西厂，首领便是汪直。西厂厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。
西厂成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，拼命的构置大案、要案，其办案数量之多、速度之快、牵扯人员之众都远远超过了东厂和锦衣卫。西厂在全国布下侦缉网，主要打击对象是京内外官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必经由皇帝同意，之后当然就是严刑逼供，争取把案件弄得越大越好。对一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就会被西厂以妖言罪从重处置。
在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂（就是那个连中三元的人才）为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。
但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感，一个奸臣戴缙在得知皇帝心思后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗大喜，立刻恢复西厂，废与开之间，只相隔一个月。汪直复出后，更加严酷地办案，戴缙也得以升职。
在此后的五年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。但俗话说：“物极必反”，汪直极度膨胀的权力不能不引起皇帝的警觉，在其后的权力角逐中，汪直失败，被调出京城，西厂也随之解散。几年以后，汪直在失意中死去。
到了宪宗的孙子武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开，由太监谷大用领导。好笑的是，西厂与东厂虽然都受刘瑾的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。为了改变这种情况，刘瑾又自建了一个内行厂，由本人直接统领，其职能与东西厂一样，但侦缉范围更大，甚至包括东西厂和锦衣卫。一时间，锦衣卫、东西厂、内行厂四大特务机构平存，缇骑四处，天下骚动。直到五年后，刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂和内行厂。
