【原】小芯片里的大文章——基因表达谱的数据挖掘

作者：解螺旋·子非鱼

如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手

导语

一直以来，芯片就是基因组表达分析的中坚力量，尽管这些年RNA-seq技术的风头正猛，但是芯片凭着能够快速处理大批量样本的优越性，使得其在临床研究中的霸主地位岿然不动。现在，小鱼就以基因表达谱数据为例，将基本的分析思路及方法分享给大家。

当基因芯片将所有的探针所代表的基因与荧光强度转换成基本数据 (raw data) 后，就形成了由丝丝的线索串联而成的密码，有待科研者们对raw data进行抽丝剥茧，如剥洋葱般从外到内层层解析出数据下的隐晦含义。而通常基因表达谱的基本分析思路下图所示。

那么，接下来小鱼就给大家介绍两个在线分析基因表达谱的分析工具吧。

 

NO.1 DAVID数据库

网址：http://david.abcc./

DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。主要用于功能注释、ID转换、基因功能分类、相似基因查询。

 

1、打开网址，进入该数据库，并。而后点击Start Analysis进入新的界面。

2、在新的界面里，上传数据。

3 提交后，可进入以下界面。

4、点击Functional Annotation Tool栏下的Functional Annotation Chart。

在新的界面中，点击相应的按钮，即可查阅相关信息。

 

NO.2 WebGestalt

网址链接：http://5ht-dev.accre./webgestalt/

这个工具支持8个物种的数据：human，mouse，rat，worm，fly，yeast，dog，and zebrafish

 

1、进入WebGestalt界面，点击START。

在新的界面中，选择相应的物种后，点击Enter。

2、在新出现的界面中，上传基因ID列表和类型。

3、上传数据后，会出现以下界面。

点击Enrichment Analysis中的Gene Ontology Analysis和KEGG Analysis，即可得到相应的信息。