这么多生信数据库,哪个数据库用得最多呢?其实排一下序,不难看出,生信数据库里,被用到最多的,不是GEO,不是TCGA,也不是什么KEGG。而是: 没错,DAVID……排名甚至都在GeneBank之上。这个数据库的引用率和索引量都很高: DAVID主要用途其实就是聚类分析,由于是2003年的老数据库,也基本没多大的变化: 所以很多人其实都觉得DAVID有点low…… 比DAVID好的工具其实有很多,比如这个“恩富[R”其实作为聚类工具的话,就能获得比DAVID更多的聚类信息。 和DAVID差不多,也是输入基因列表: 在GOterm上,“恩富[R”能整合更多的GO数据库: Pathway分析也一样: 一般的这样的基因列表都是分析表达数据获得的,那基因的mRNA表达数据,上游调控应该是通过转录因子完成的,所以对于基因列表中共有的转录因子分析,其实也是在聚类分析中必不可少的: “恩富[R”中也是通过不同的ChIP-Seq数据库的分析获得的这些结果,在列表中,鼠标停留在转录因子上,也会显示对应的列表中的靶基因: 除此之外,“恩富[R”还能分析不同细胞组织中的表达以及表达关系: 甚至是分析不同GSE中基因的高表达以及低表达的热图: 这些功能相对与DAVID这样的比较旧的数据库而言,分析获得的结果会更多,也能找到不同的提示。有兴趣就自己去尝试下吧……可以自己去百度上下搜一下,实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮。 ps:夏老师画的表情包上线了哈,有兴趣可以试试看。 |
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