老司机带你解锁DAVID数据库的多基因富集分析

多基因富集分析？用它没毛病！

DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。

该数据主要用于差异基因的功能和通路富集分析，对很多科研工作者来说，是个非常好的工具。

今天小编就絮叨絮叨如何利用DAVID进行多基因GO/KEGG富集分析和图表展示，以及利用DAVID进行gene ID转换。

01

打开DAVID官网(https://david./home.jsp)，进入主页面。

左边是主要的功能菜单栏，主要有四个工具：

基因功能注释（Functional Annotation）

基因功能分类（Gene Functional Classification）

基因ID转换（Gene ID Conversion）

基因ID对应基因名称（Gene Name Batch Viewer）

这其中最为常用的工具是功能注释和gene ID 转换。

点击Functional Annotation，进入如下页面，在upload选项中，先在gene list框中，输入我们准备好的差异基因列表。

注意，gene list限制不超过3000个基因；每行一个基因ID或者基因名称用逗号隔开。

其次，选择输入的基因类型，如ENTREZ_GENE_ID，选择Gene List, 点击Submit List。

有时也会出现这样的页面，提示你检测到不同物种，需要选择物种，点确定就行。

进入List选项，选择物种。以人为例，选择homo sapiens。

接下来要选择Background：其选择原则，就是必须构建一个足够大的可能涉及所有基因的集合。选取默认的人的全基因作为背景。

也可以在前面upload中上传一个基因列表文件，在background中选择作为基因背景。

回到list页面，点击use，然后在右侧页面选择需要进行的功能分析。这里汇集了DAVID数据库的主要功能(从上往下):

GO分析：粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。

pathway分析：可以了解实验条件下显著改变的通路，在机制研究中显得尤为重要。

功能注释工具：

1）Functional Annotation Clustering：使用模糊聚类方法，对被注释上的Terms做聚类，即Terms被分成多组，并将给出聚类的分值。

2）Functional Annotation Chart：提供gene-term的富集分析。

3）Functional Annotation Table：该工具实现了基因的功能注释，将输入列表中每个基因在选定数据库中的注释以表格形式呈现。

02

点击GO分析，点击clear all，再选择自己感兴趣的内容。

、

勾选好待分析的选项后，点击功能注释工具中的Functional Annotation Chart，出现一个表格。

右键点击DownloadFile，链接另存为txt文档，命名为GO，用excel表打开。

这里主要看GO-term、Count、p值和FDR值，其他列删除掉。

我们对p值进行筛选，p<0.05。

将p值进行负对数转换，输入公式，等于-log( p value)，完成后将格式转换成文本。

然后在Term后增添一列Term，用MID函数(字符串，起始位置，保留字符的个数）将波浪号以及之前的内容删除。

然后用新增的term和count作图即可。

03

下面进行KEGG pathway分析。回到DAVID网站，点击Clear All清除之前的选项。

在Pathways中点击KEGG pathway，再点击Functional Annotation Chart，出现的表格与前面的类似，保存这个表格作图即可，这里就不重复演示了。

点击term内容，可以查看信号通路图。红色标注的就是我们自己输入的差异基因。

我们有时候会得到几十条通路，一般根据p值和富集的分子数量，挑选其中的一条或几条进行研究即可。

04

下面进行gene ID转换的演示。退回到主页面，点击基因ID转换，gene list 1已经存在了，选择要转换成的基因ID，选择official gene symble，点击转换。

结果界面中，左边的表格显示转换的情况，有145个转换成功，右边表格以列表形式呈现转换结果以及基因名称注释等。

右键点击DownloadFile，链接另存为txt文档，命名为Gene名称，用excel表打开即可。