近现代大学直接起源于12、13世纪的欧洲中世纪大学。
在欧洲中世纪大学创办前，高等教育存在了数千年。古代埃及、印度、中国等都是高等教育的发源地；古希腊、罗马、拜占廷及阿拉伯国家都建立了较完善和发达的高等教育体制。虽然许多教育史家把上述地方的高等学府也称之为大学，但严格地说，它们不是真正意义的大学。“大学”是拉丁文“universitas”一词的译名，专指12世纪末在西欧出现的一种高等教育机构，这种机构形成了自己独有的特征，如组成了系（faculty）和学院（college），开设了规定的课程，实施正式的考试，雇佣了稳定的教学人员，颁发被认可的毕业文凭或学位等等，从这个意义上，我们可以说近现代大学直接起源于12、13世纪的欧洲中世纪大学。
中世纪初期，西罗马帝国灭忙后，统治西欧的各蛮族王国在文化教育方面是一片空白。这时，基督教会就成了古代文化的承担者和传播者。由教士本尼狄克创立并为教皇格里高里一世所发展的修道院制度，保存了古代文化知识。在教会的努力下，陆续出现了一些修道院学校、大主教区学校和教区学校，当时最早在智力生活中发挥积极作用的教士是乡区的修道士。教会学校逐步形成了被称为“七艺”（文艺学科教育）的学习课程。七艺是古希腊、罗马的传统课程。在希腊时代，柏拉图提倡算术、几何、天文、音乐，加上智者们的教学科目语法、修辞、辩论术，这七门课程在古希腊后期已逐渐成为学校普遍教授的科目。到罗马共和时期以及帝政时期，学校的教学科目基本上继承了希腊传统。卡希欧多尔（元480～575年）在《神学与世俗学导论》一书中首次提出“七艺”这个词，将古罗马学校的文法、修辞、逻辑这“三艺”，与算术、几何、音乐、天文这“四艺”合并为“七种自由艺术”，并强调世俗文献对于基度徒也具有重要意义，“七艺”成为中世纪教育的基础。
随着时间的推移，教育的首创精神更多地由更世俗的城市化的牧师所发扬光大。与居于修道院内的修道士不同，世俗的牧师担任了管理外部世界的职责，并深入到复兴的城市生活之中。随着他们人数的增加，教堂特别是大教堂所辖的学校也增加了。单个的教师和讲师开始在这些城市学校中出现，社会形成了广泛尊重知识的风气，来自各地的学生们聚集在设有大教堂的城市听他们讲课，在巴黎、博洛尼亚和牛津等地，学生人数数以百计。随着人数的扩张，为了保障权利、利益和提供法律保护，所有的教师联合成特殊的组织即专业行会，称为系或教授会（faculty），后来把系理解为教授某部门知识的大学分部；学生则组成同乡行会，双方各有自己的权利和义务。简单来说，大学作为一种行会体制，教师与学生的关系就是师关系。 universitas（大学）一词运用很广，常常用于表示一些合作性的团体，如手艺人行会、自治团体，是1228年由教皇颁布的敕令首先对教师和学生使用的。
1087年，意大利建立了第一所正规大学博罗尼亚大学，它是欧洲最著名的罗马法研究中心。随后，欧洲各地相继出现了大学。巴黎大学是由巴黎圣母院的附属学校演变而来。1200年法王承认巴黎大学的学者具有合法的牧师资格，有司法豁免权。1215年教皇特使为巴黎大学制定了第一个章程，取消圣母院主事对巴黎大学的控制权，巴黎的教师协会获得了合法团体的资格，至此完成了由习惯认可的大学到被法律承认的大学的转变。1168年巴黎大学的学者们来英国创办了牛津大学。1209年牛津大学部分学者分离出来创办了剑桥大学。13世纪的牛津大学就是当时欧洲的科学中心，西方近现代的科学在那里萌芽。其中著名的还有法国的蒙彼利埃大学(1181 年)、 图卢兹大学(1230年)，意大利的帕多瓦大学、那不勒斯大学(1224年)，西班牙的帕伦西大学(1212年)和葡萄牙的里斯本大学(1290年)等。
欧洲中世纪的大学本为执有特许状的一种社团，享有高度的自由。大学作为一种行业公会，是一种独立自主的机构，实行完全的自治。它既不受任何上级的管辖，也不受所在地方的限制。在与教会与世俗君主以及与自治城市当局的摩擦和斗争中，中世纪大学为自己争得了独立自治权，并为后世的大学留下了自治传统。那时的大学的学生没有国籍限制，都使用拉丁语。
中世纪大学按领导体制可分为两种类型。以最早兴起的博罗尼亚大学为代表的称为“学生大学”，由学生主持校务，教授的选聘、学费的数额、学期的时限和授课的时数等，均由学生决定，欧洲南部的大学，如法国（巴黎大学除外）、西班牙、葡萄牙等地的大学多属此种类型。以法国巴黎大学为代表的称为“先生大学”，由教师掌管校务，欧洲北部的大学，如英格兰、苏格兰、瑞典、丹麦、德国等地的大学，则多属此种类型。
“现代大学”开始于19世纪初，是指启蒙运动以后、经过理性主义改造、特别是指以德国洪堡创办的柏林大学为代表的新型大学。一般认为，1809年德国柏林大学的创立标志着现代意义上的大学的诞生。现代大学与传统(中世纪)大学的根本区别在于大学职能的转变。传统大学是传授已有知识的场所，将研究和发现知识排斥在大学之外，而现代大学则将科学研究作为自己的主要职能，将增扩人类的知识和培养科学工作者作为自己的主要任务，推崇“学术自由”和“教学与研究的统一”。柏林大学精神推动了德国的科学事业发达昌盛，19世纪初到20世纪初德国成为世界科学的中心。这一思想对世界高等教育也产生了深远影响，为近代大学形成奠定了基础。
