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进入20世纪60年代后，人们从自然界中寻找新的抗生素的速度明显放慢，取而代之的是半合成抗生素的出现。1958年，希恩合成了6-氨基青霉烷酸，开辟了生产半合成青霉素的道路。
20 世纪50年代至70年代，是抗生素开发的黄金时期。新上市的抗生素逐年增多，1971年至1975年达到顶峰，5年间共有52种新抗生素问世。但从上世纪 80年代开始，每年新上市的抗生素逐年递减。1996年至2000年的5年中，只开发出6种新抗生素。进入新世纪后，这一趋势变得更加明显。2003年全 球仅一个新产品——达托霉素上市，而2004年竟是空白。 造成这种局面的一个原因是，现在抗生素的开发变得越来越难。在过去的80年里，科学家已经发现了20多类抗生素，几乎把所有能够找到的微生物都翻了个遍。
另一个原因则是，新抗生素的开发速度远远跟不上细菌耐药发生的步伐，导致研制的利润大不如前，制药公司缺乏热情。在最初上市的20年，青霉素的疗效无与伦比，给当时的制药公司带来了大量的利润。但今天一种新型抗生素问世，甚至不到几个月，就会出现耐药细菌。
2000 年，辉瑞公司的利奈唑烷获准上市，曾在医学界引起轰动。因为它是世界第一个人工合成的恶唑烷酮类抗生素，被寄予厚望。但仅仅不到1年，就出现了肠球菌对利 奈唑烷耐药的报道，迫使人们不得不寻找新的抗生素来替代其进行治疗，而一个新抗生素从研发到上市至少需10年，投资10亿美元左右。
如今，一些大型制药公司纷纷把研发重点，转向利润更丰厚的抗癌药物和艾滋病药物上，并不热衷开发新型抗生素——与此同时，已经严重依赖于抗生素的人类，现在比任何时候都更迫切地需要新型抗生素。 根据美国疾病控制中心提供的数据，美国国内2008年发生的因使用抗生素而送往急救的人数达142505人，占美国全国全部急救人数的19%。其中，78%属于抗生素过敏。但是，没有报道因使用抗生素而死亡的病例。
据 印度新德里的MeDiCaLGeeK公司主办的《V版》2008年8月发表的英文稿《认识抗生素的副作用》，印度也有超过7%的患者因药物反应需要急救。 其中，16%属于使用抗生素引起的药物反应。这个数字比美国低，但情形依然是严重的。根据印度的报道，抗生素引起的药物反应主要有五个方面的表现：过敏、 心律失常、内分泌紊乱、药物干扰和皮肤出现红疹。其反应类型可以分为四种：一是直接的过敏反应；二是细胞毒素反应；三是迟滞机体免疫反应；四是间接细胞反 应。
美国的劳伦斯·威尔森医生2008年10月发表网络文章为抗生素列举了10大“罪状”： 1、增加患癌症的风险。 2、过敏反应。 3、解构肠内有益菌丛，破坏肠内“生态”。 4、增加微生物的耐药性。 5、迟滞免疫功能。 6、假丝酵母菌(如念珠菌)过分增多并引起对肠子更有害的感染。 7、引起慢性疲劳综合症。 8、由于抗生素虽然没有直接伤害人体，但它解构了体内的有益细菌，降低了肠胃功能，妨碍了矿物质的吸收，而使患者沦为营养不良。 9、疗效虚假。有些疾病不使用抗生素也能好。 10、成本太高。
我们应该“超越抗生素”，这是得到医学界广泛认同的一个提法。那么，如何才能超越抗生素呢？
首先是新方法的探索。抗生素被滥用导致的危害已经有目共睹，它如今来到了一个被新方法超越的前夜。到目前为止，试图通过建立杀菌的新方法来替换抗生素的思路有三个：噬菌体杀菌法、细菌素杀菌法和益生菌方法。
其次是减少对抗生素的依赖。现代人免疫力下降的责任不能简单地归结为滥用抗生素。环境状况、生活节奏、生活习惯，都有可能影响了人们的免疫力。因此，改善人居环境，调整生活节奏，培养良好的生活习惯，尤其是饮食习惯，加强身体锻炼，都是超越抗生素的好方法。
第三是通过营养医学方法，提升自身的免疫力。对于普通人来说，合理膳食、适量运动、心理调适以及戒烟限酒是普遍被建议的做法。
三种替换抗生素的新方法 噬菌体杀菌法 噬菌体是一种比细菌结构更简单的病毒，它以吞噬细菌作为自己生存和繁衍的物质基础。而且，正如抗生素具有选择性杀伤细菌一样，噬菌体也具备这样的选择性。如果我们可以找到一些噬菌体，它对人体无害，但又能吞噬那些感染人体的细菌，这种噬菌体就是比抗生素更好的抗菌药。
细菌素杀菌法 细菌素是细菌分泌出来的类蛋白毒素，它可以杀死那些与之相似或同一家族的细菌。而且，不同的细菌素具有不同的潜在医疗价值。已经有比较看好的前景表明，这是最可能率先超越抗生素的方法。
益生菌方法 这种方法的思路是利用一些益生菌，如，益生菌含有活性乳酸菌及双岐杆菌，植入人体，并在人体中自己建立起与其他细菌共生、竞争、禁止殖民占领的关系，这种益生菌可能能够自己生成一些抗生素或细菌素，以阻止有害细菌对人体的伤害。
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