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对于进化树的构建，如果对理论的了解不深入，选择模型的时候用NJ或者ML建树较为妥当。对于初学者，小编首推MEGA软件，因为它是Nei开发的方法并设计的图形化软件，使用起来非常方便。 MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis，分子进化遗传分析），可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。最新版本：MEGA 6.06 for windows，可以从 http://www.megasoft ware.net/免费下载。 接下来，就是用MEGA构建系统进化树的简明流程（具体细节请参考MEGA教程和使用说明）： 1. 准备序列文件：准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列）把所有序列放在同一fasta文件内，注意：所有序列的方向都要保持一致（5’ – 3’）。 核酸序列： >gene1 CCGTTAGCATGCCAGGCTCCGCATAAAGA 氨基酸序列： >gene1 MQSPINSQMAEMAEQFGFSNNMAGSIAF 2. 多序列比对：打开MEGA，选择“Align”–“Edit /Build Alignment”，选择“Create a new alignment“。 根据输入文件中序列类型，选择“DNA”或者 “Protein”。在弹出“M6：Alignment Explorer”窗口中选择“Data”-“Open”-“Retrieve Sequences from File”, 找到准备好的序列文件并打开。 就会看到如下图所示的序列展示界面： 3. 在打开的窗口中选择“Alignment”-“Align by ClustalW“ 进行对齐，在弹出的“M6：ClustalW Parameters”中调整参数，然后点击“OK”。对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。 4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示是否保存，点击保存，保存的文件格式是.mas。回到MEGA 6.06主窗口，选择“File”或者“Data”-“Open A File/Session…“，在弹出窗口中选择”Analyze”即可。 5. 在菜单栏中选择“Phylogeny”-“Construct/ Test Neighbor-Joining Tree…”-“yes”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。 6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。 有用就收藏，喜欢就分享~~ 美吉生物拥有一流的测序平台、强大的生信分析团队，成为您身边不可或缺的测序专家！ |
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