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今天我们来讲讲MEGA的使用，本例使用的MEGA版本是6.0.6，乃们也可以到官网下载最新版来用。 MEGA下载地址：http://www./ MEGA的主界面： 使用步骤  1. 序列导入 可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。 如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。 另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。 如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致： 如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。 步骤：Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment → Data → open → Retrieve sequences from File 将复制输入的序列另存输出看看。 步骤：data → Export alignment → fasta format 序列长度都被用横线补齐了。 2. 多序列比对 选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。 在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。 比对参数选择： 保存比对文件，进化树分析提供数据。 一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。 3. 构建进化树 导入数据：将刚刚另存的meg 文件 重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。 参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。 描述： 进化树可视化： View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。 发散树 环状树 进化树简单美化： 可视化文件的保存：
保存为png/pdf，显示不全怎么办？ ——将图和图注复制到WORD中保存即可（Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD）。
Mega 优缺点： 优点：操作简单，集比对画图与一体，有图注。 缺点：图不够美观，只能绘进化树，对图形的修改不可恢复。 关于进化树美化我们已经分享过另一篇文章《一款好用的进化树可视化编辑软件》，感兴趣的朋友可以戳题目查看。今天就酱紫啦~~
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