1. 进化树的建立软件：MEGA 输入文件：fas格式文件 输出文件：nwk格式文件 建立过程1）将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件； 2）打开MEGA软件，选择主窗口的”File” → “Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。 3）打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”“Align by -ClustalW” 进行多序列比对，弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。 4）之后，弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。MEGA的所有默认参数都是经过反复考量设置的，这保证了MEGA傻瓜机全自动档的品质，所以当你无从下手，或者没有什么特别要求的时候，直接点击“OK”，接受这些默认参数，开始多序列比对。 5）比对过程是先进行双序列比对，在进行多序列比对，最后会出现一个多序列比对结果。将之作为中间结果保存下来。在Alignment Explorer窗口中选择“Data”→“Export Alignment”→选择要保存文件的格式（一般用meg格式） 4）生成的“.meg”文件可以双击直接导入MEGA。点击data-Phylogenetic Analysis，回到MEGA主界面。 5）开始建树。点击MEGA主窗口上的Phylogeny下拉菜单，选择Neighbor Joining（最近邻居法）。保存为nwk格式文件 2.进化树美化软件：Rstudio（ggtree包） 输入文件：nwk文件 输出文件：建立的彩色进化树 美化过程R语言代码： #加载R包
install.packages('ggtree') install.packages('ggplot2') library(ggplot2) library(ggtree) #读取树文件 x <- read.tree('***自己的文件（一定注意路径***）') #读取分组信息 groupInfo <- split(x$tip.label, gsub('_\\w+', '', x$tip.label)) #按类分组 y <- groupOTU(x, groupInfo) #将分组信息添加到树中 tree <- groupOTU(x, groupInfo) #绘制进化树 ggtree(tree, layout='fan', ladderize = FALSE, branch.length = 'none',aes(color=group)) + geom_tiplab2(size=3) + theme(legend.position = 'right') |
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