2002年4月，爲配合湖南省保靖縣碗米坡水電站建設，湖南省文物考古研究所會同州、縣文物部，對里耶盆地淹沒區所涉及到的古遺址、古墓葬進行了大規模的搶救性考古發掘。里耶古城發掘始於當年4月，11月結束，歷時8個月，共開探方22個，發掘面積達5500平方米。次年10月至2006年6月，爲配合里耶古城遺址保護工程建設，又對城址北、西、南城壕進行了全面發掘。發掘結果證實古城爲方形，包括護城河和城墻墻基，南北長235米，東西現存150米，東側臨江處數十米已被河水沖涮。爲弄清古城周邊各時期墓葬分布情況，2002年5月至次年12月，分三個階段先後發掘了麥茶戰國墓葬群、大板漢代墓葬群和清水坪西漢墓葬群，麥茶發掘戰國墓236座，大板發掘漢墓70座，清水坪發掘西漢墓255座。通過以上幾次的考古發掘，基本確定了里耶古城的性質規模和形制，以及始建年代與廢棄年代，即古城爲戰國晚期楚人所建的軍事城堡，秦統一時繼續沿用作爲秦遷陵縣治所在地，後又經西漢早期二次修築，東漢時廢棄。
發現並出土大量簡牘的古城一號井遺址，處於城址北半部，井口距地表深約3米，殘深14.3米，平面正方形，井壁四周以寬0.3米、厚0.1米的木板嵌砌，爲榫卯結構，井壁内徑爲2.1米，深至3.8米處沒有發現木板，以下内收，内徑有2米。出土簡牘除第五層的幾枚殘斷楚簡外，其餘第六層至十七層絕大多數爲秦代木牘，另外有少量爲竹簡。簡牘由毛筆黑墨書寫。存有確切紀年的簡牘，有秦始皇二十五年至秦二世二年，即公元前222年至公元前208年，持續時間基本與秦朝一代存世時間相吻合。出土簡牘性質屬於官方文書類檔案資料，長度多爲23釐米，與秦時一尺長度對應，最長有46釐米略有餘，折算恰爲秦時兩尺，兩道編繩或無編繩，編繩系書寫後再編聯。簡牘窄寬不一，依書寫内容而定，最寬的近9釐米，最窄的不足1釐米；窄竹簡則單行書寫，寬木牘書寫則有兩行至七行。簡牘所用木材種屬大多數爲杉木，也有一定數量的松木等其他樹種。出土簡牘内容主要涉及秦時洞庭郡遷陵縣當時社會、政治、經濟管理等各方面，包括人口、土地、賦稅、吏員、刑徒的登記及其增減和原因，倉儲管理和糧食俸祿發放標準，道路、郵驛、津渡的管理和設備添置，兵器的管理和調配，中央政府政令的傳達和執行，宗教祭祀、民族矛盾以及民事糾紛的處理等。
2010年10月，爲配合國内首家秦代簡牘專題博物館——里耶古城(秦簡)博物館的對外開放，由湖南省文物考古研究所調撥一批里耶古城出土秦簡作爲館藏珍貴文物進行陳列展覽。這一批秦簡牘，大部分出自一號井第八、九層，其餘則有少量出自五、六、七、十、十一、十二、十四、十五、十六、十七層等層次(多者十來枚，少者僅1枚)。這批簡最長的有46釐米，爲刑徒疾病、死亡薄計和戶籍等木牘，短的多爲簡牘殘件，有1至2釐米，其餘大部分長度多在23釐米左右。簡牘最寬的近8釐米，爲木楬（笥牌）。另外，還有幾枚簡牘削衣。里耶秦簡博物館館藏的這些秦簡牘，内容主要爲：郡縣官府往來公文處理記錄、吏員出勤考核登記、吏員就餐登記、吏員功勞和履歷；家庭戶口及其登記版式、賦稅征收、奴婢買賣；土地開墾、畜禽養殖、官營作坊、采礦、制漆、紡織等農業與手工業生產，以及水火災情記錄；追討欠款、公船丟失和征調勞力違規等司法案件處理記錄；刑徒使用人數統計，物資管理，軍需配送；通關憑證、公文郵傳、公文封緘與公文傳送里程；祭祀先農、邪辟祈福等等秦代基層社會方方面面。可以看出，這些簡牘内容非常豐富且具體，似乎就是秦代基層社會活動的一部小的“百科式全書”。
目前，由於各方面的原因，博物館關於秦簡的展陳形式還較爲單一，這使得簡牘在歷史、科學和藝術等方面的價值難以得到有效發揮。總體來看，里耶秦簡博物館作爲基層事業性文博單位，缺少專業展陳研究與設計策劃專業人才的這一矛盾是最爲突出的限制性因素。一方面，由於簡牘本身與其他形態質地特征突出、紋飾圖案豐富瑰麗的文物相比，觀賞性不足，加之簡牘上文字的澀晦難識，沒有一定的歷史學和古文字學基礎，一般的參觀者很難讀懂和理解。另一方面，博物館由於缺乏其他持續有效的烘托反襯的組合形式，使得“安靜”的簡牘在平面、三維立體以及多媒體展現上難以“活躍”起來。鑒於此，做好秦簡一類的出土文獻等藏品的陳列展示工作，一定要對文物本身的性質功用有充分的認識。因爲任何一件文化遺產都有其特定的時空維度及其文化屬性。對此，卜憲群先生在2007年“里耶古城·秦簡與秦文化研究——中國里耶古城﹒秦簡與秦文化國際學術研討會”上就已經有了相關的論述：
首先，里耶古城始建於戰國時代的楚國，繼之秦、漢，這樣的一個時間跨度，恰好是中國古代歷史上從王國進入帝國的時代，是帝國形成與早期發展的時代。作爲這個時代的古城遺址，承載著特定歷史時期的特定歷史意義。
其次，里耶古城從楚國的軍事城堡到秦國、秦王朝與漢晉帝國基層政治中心——縣治，其“城”功能的變化，其實質就是時代變化的反映。這在以往的古代城址中是很少見到的。
……
最後，里耶古城出土的37000餘枚秦代簡牘，爲解析帝國時代國家基層政治統治中心、經濟管理中心、軍事控制中心的“縣域”，提供了極爲豐富、全面、科學、寶貴的考古資料，這在中國考古學乃至世界考古學上都是十分罕見的。
對於里耶秦簡上記載的文字，有學者認爲其字體書寫風格多在篆隸之間，應屬於成熟漢隸形成之前的早期隸書，即爲秦隸，或稱之爲古隸。對此，筆者亦認爲秦簡牘所代表的隸書應是一種尚未完全成熟的隸書，因有些簡仍然保留有個别的小篆字體，如簡牘中行 、丝 。再又，里耶秦簡作爲官方文書而被發現出土，其使用功能和屬性使其書寫風格較多地表現出快寫的特征——筆畫省減，而這些特征又正好反映當時隸書在秦代基層文書中逐漸占統治地位的趨勢，表明里耶秦簡的字體正處於我國古代字體由小篆向隸書隸變的過程之中。但值得註意的是，這種字體與成熟隸書即漢隸相比，還是有明顯的區别。有學者認爲里耶秦簡字體運筆嚴謹但又不失寫意隨性，字跡或工整、或率意，風格多樣，姿態各異；修短開合，相映成趣；分行布白，節奏錯落，通篇和諧而不失規章，給人一種制度理性和感性藝術微妙融合的美的享受。對此，筆者認爲里耶秦簡字體的這種承上啟下的特性，是由其所處的時代和地域決定的，這對於研究秦代篆書、隸書的演變過程具有重要意義，在中國古代書法史上亦有重要地位。
最後由於眾所周知的原因，即簡牘本身材質的特殊性，尤其是秦簡文字，其長期性的保護和管理存在一定的難度。雖然如此，對簡牘進行有效的管理和保護研究，是博物館設立的根本目的所在。據簡牘保護研究者介紹，里耶古城遺址一號井出土的秦簡爲何歷經兩千多年還能保存至今，這一方面得益於一號井結構設計制作的匠心獨具，井壁由寬厚的榫卯結構木板扣合築實，本身就厚實堅固。另一方面，里耶地處湘西武陵山腹地，交通閉塞，基礎工程建設欠發達，又井口距地表深近4米，從而避免了來自地面上大規模人爲因素的毀壞；再來便是南方酸性土壤的有利因素，使得長期處在地下水浸沒而與氧氣隔絕的簡牘，又避免了地底下不利因素——自然環境的腐蝕破壞，因而歷經兩千年大部分秦簡卻得以完好保存。爲使里耶秦簡及早與大家見面，便於參觀學習研究，現保存在博物館展廳里的秦簡是經過有效脫水處理的，與原先簡牘出土時泡在藥水里的形制略有差别。因受外界不利的溫濕環境和光環境的影響，少數簡牘材質的新鮮度和上面所記載的文字清晰度已有所減弱，但總體上不影響簡牘的參觀和學習研究。
因此，如何更好地、更持久地延續里耶秦簡牘的壽命，使其能得到有效的保護與研究，可說是現在和未來博物館所面臨的一個長期性的課題任務。
