由沙门氏菌引起的疾病主要分为两大类:一类是伤寒和副伤寒,另一类是急性肠胃炎。其中鼠伤寒沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、肠炎沙门氏菌等是污染动物性产品,进而引起人类沙门氏菌食物中毒的主要致病菌。沙门氏菌污染主要来源于患病的人和动物及其带菌者,主要由其粪便、尿、乳汁以及流产胎儿、胎衣和羊水排出的病菌污染水源、土壤和饲料等,其中饲料和水源的污染是导致沙门氏菌传染的主要原因。各种饲料中均可发现沙门氏菌,尤其是动物性饲料(如鱼粉)常见。
禽畜感染沙门氏菌可引起相应的传染病,如猪霍乱、鸡白痢等。一般情况下畜禽肠道带菌率比较高,当动物因患病、衰弱、营养不良、疲劳以致抵抗力降低时,肠道中的沙门氏菌即可经肠系膜淋巴结和组织进入血液引起全身感染,甚至死亡。例如,猪霍乱沙门氏菌可引起仔猪副伤寒,急性病例出现败血症变化,死亡率相当高。慢性病例产生坏死性肠炎,影响猪的生长发育。鸡白痢沙门氏菌,主要侵害雏鸡,引起败血症,可造成大批死亡。在成年母鸡则主要引起孵巢炎,可在卵黄内带菌而传给幼雏。