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实务中公司合并分为简单合并和复杂合并，复杂合并是指参加合并的各公司的股东和持股比例与合并后的公司的股东和持股比例不同的合并。复杂合并是一种有利益冲突的合并，是一种交易性质的合并，因此必须进行合并作价。 合并作价就是对参加合并的各公司进行企业估值（实务中也有称为给参加合并的各公司的资产和负债作价、股东权益作价和资本作价的），然后根据参加合并的各公司的估值确定各公司对合并后公司的“投资”比例，并据此确定每个参加合并的公司的股东合计持有的合并后公司的股权比例，最后再根据每个股东对参加合并的公司的持股比例计算出每个股东对合并后公司的持股比例。 比如：A全资持有甲公司，B持有乙公司70%的股权，C持有乙公司30%的股权，甲和乙两公司合并，甲公司估值2000万元，乙公司估值1000万元，那么，甲公司股东A对合并后公司的“投资”占三分之二，应当持有合并后公司66.7%的股权，乙公司股东B和C合计对合并后公司的“投资”占三分之一，其中B应当持有合并后公司23.31%的股权，C应当持有合并后公司9.99%的股权。这是有限责任公司的合并作价方法，如果是上市公司就会简单得多，因为上市公司的资本（股票）有市场价格，不再需要进行企业估值了，只要将股票的市场价格计算出一个比例就可以，比如南车和北车合并，北车股东每一股交换南车1.1股（定增）。 从上可见，公司合并遵循的是公允作价和等价交换的规则，这是所有交易和带有交易性质的行为的普世规则。 但是我们在实务中遇到的公司合并（并购），有的是合并各方事先商定各方持有合并后公司的股权比例后（决定合并后公司的控制权和并表问题），才能进行企业估值，而企业估值的结果往往与事先商定的股权比例不相匹配。比如在上列中假如甲公司的股东和乙公司的股东事先商定合并后公司的持股比例为：A持股60%，B持股28%，C持股12%。在这种情况下就需要通过支付合并差价的方法来调整各方对合并后公司的“投资”额了（下篇讨论）。 |
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