  从平面布局上看，赛卡古托寺和其它藏传佛教寺院并无太大的区别，也是由寺门、杜康大殿、经堂、佛殿等殿堂组成，从山顶向下鸟瞰，这些殿堂和它们周围的僧舍、仓库等寺院附属建筑物围成一个长方形的建筑群落，形成寺院的主体平面。但奇特之处就在于，在这个略呈长方形的建筑群中央，有一座古碉式的建筑物高耸而立，它灰白色的墙体呈四方形，逐层向上内收，线条刚直硬朗，碉楼顶部上接一座带有翘檐的金顶，金色的光芒在阳光照耀下熠熠生辉，与河水的波浪交相辉映。正是这座碉楼式的佛殿。让赛卡古托名扬四方——它就是西藏古代佛教寺院历史上着名的“九层古碉”，也有人将它称为“九层公子堡”。
 关于赛卡古托寺的兴建，有一个十分动人的传说：约在公元11世纪时，大译师玛尔巴为了考验弟子米拉日巴修行的决心和毅力，出资让米拉日巴修筑一座九层高的石碉楼作为修行之所，米拉日巴赘尽千辛万苦，从四处背来石头砌建墙体，白天砌成的墙体到了晚上却又全部倒塌，原来是玛尔巴暗中施法的缘故。但米拉日巴意志坚定，不屈不挠，很像是汉地挖山不止的愚公，白天砌墙晚上倒塌，晚上倒了白天再砌，日复一日，终不放弃，最后终于感动了师母，她说服玛尔巴停止了施法，让米拉日巴心愿发成，修成了这座九层高的碉楼。藏语称其为“赛卡古托”，意即“九层公子堡”，碉楼下面建有佛殿噶哇久尼殿，意即“十二柱殿”，成为藏传佛教噶举派着名的寺院之一。
 后来，这座噶举派的名寺在各个不同时期又历经过许多次修葺工程，尤其是在16世纪时，由噶举派的着名学者巴卧·祖拉陈瓦对赛卡古托寺进行了大规模的维修和扩建，初步形成了九层碉楼外围的建筑群落。五世达赖时期，按照西藏地方政府的规定，每一个藏历“绕迥”都要对寺院进行一次维修。直到1944年，由山南桑珠寺的活佛主持了西藏地方政府对这座寺院的最后一次维修，在这次维修之后，赛卡古托寺也随之改宗为格鲁派。
这座称为“九层古碉”的建筑物上下真的分为九层，第一、二两层是地下室及储藏室，三层以上都建有可供佛像的殿堂，绘有壁画，其中最下面的一层设有佛殿“噶哇久尼殿”（十二柱殿），分别由经堂、佛殿、回廊等组成，经堂面阔五间、内立八柱，其后接佛殿，佛殿内设有四柱八梁，一条封闭式的回廊环绕着经堂和佛殿，这是寺内最早的建筑。沿着各层墙面一侧都设有楼梯，左右相错，可以交叉盘旋而上，直至碉楼的顶部。
 赛卡古托寺内的壁画分别是在不同时期绘制而成，代表着不同的时代风格，同时也受到来自西部阿里、卫藏等不同地区画派的影响。有一幅绘着不同姿态的众女尊小像，这幅壁画上的女尊像均是单腿站立，下承莲花台座，每尊女尊像都是对中两分，一阴一阳。一明一暗，形成鲜明的色彩对照，所反映的宗教意趣令人深思。
在早期建筑中还可以看到时代较早的一些壁画，经堂中所绘的噶举派高僧大德肖像，人物头部稍侧向一侧，面相显得十分丰满，身披作为噶举派高僧标识的白色袈裟，结跏趺坐于莲台，神情安祥，眉眼之间的线条轻松却富有弹性，与江孜自居寺、夏鲁寺经堂内同时期的壁画有着相似的时代和艺术风格。
 在第二层的楼阁壁画中，绘有不同的护法神像，上面都采用了15世纪以后西藏壁画中流行的“沥粉堆金”的技法，不仅色彩十分鲜艳，上面施以的金粉使整幅壁画即使是在昏暗的光线下面也是金光闪耀，显得富丽堂皇。
楼中还有一些精美的雕塑作品。在一个门道上方，一件雕工极为纯熟的木雕作品，可能原来是作为门楣上的装饰，这件木雕中央雕有五塔，五塔的下方为吉祥莲宝和交杵图案，两边各雕有一尊身披袈裟、结跏跌坐的佛像，哪怕是在方寸之间，人物的神情也生动传神，好似呼之欲出。从木雕表面上残留的不同色彩来看，当时上面还应当涂有各种彩绘。
古碉西侧有一座杜康大殿（传为公元16世纪上半叶由噶举派高僧、大学者巴卧·祖拉陈瓦所建）。这座殿堂前面建有二柱回廊，回廊后面为一座设有三十座的经堂，经堂四壁皆绘制有壁画，相传有些壁画直接出自巴卧·祖拉陈瓦之手。经堂的后面接有一四柱佛殿，其西为一间两柱的密教殿，当中塑有各种密教神像。
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