扩增子自传回归季

为了赶上年前的末班车与大家见面，我也是拼了，之前由于堵车我被塞在了路上，多亏交警叔叔鼎力相助，我得以见到心心念念的你们，感谢呢 。大家还记得扩增子的3个老婆的故事吗（扩增子自传第一季：我是扩增子，我为自己写自传、第二季：扩增子自传第二季），虽然我是副业，但是有不少人都在问我，很关心我，可见不管如何低调都阻挡不住我灿烂的光芒，所以就在今天，我决定强势回归。（PS：作为高级分析的我总是要有点与众不同 ）

我就是扩增子的功能担当—— PICRUSt分析，在扩增子的主业里能够告诉你菌群有什么，而我能够告诉你这些菌群都在干什么，PICRUSt软件就是帮助我实现这一功能的利器（复制该链接用浏览器查看http://picrust./picrust/tutorials/algorithm_description.html），它主要是一种根据marker基因进行元基因组功能预测的生物信息软件包，可以利用16s的测序数据进行基于KEGG数据库的功能预测，并且由于我性价比超级无敌高，对于经费预算紧张但是还想获得宏基因组般待遇的课题组无疑是个福音。那我到底能给您些什么呢？别急，这就来了：

首先，基于16s测序的数据获得KEGG数据库3个层级的原始注释表，紧接着是与其相对应的绝对丰度表和相对丰度表，让您在整体上对样品的功能有所了解。图1展示的就是在KEGG数据库预测结果的统计图，横坐标表示的是预测基因的数目，纵坐标表示的是预测得到的KEGG Level1（第一层级）和Level2（第二层级）的描述，直观展现样品在不同功能类别中的注释情况。

图1

图2是基于KO的多样品韦恩图，从图中能够看出不同样品之间KO共有和特有的情况，以此来解释不同样品之间的功能差异。

图2

图3是预测到的KEGG功能Level1层级的相对丰度柱形图，这样能够直观查看每个样品在不同的功能上的相对丰度，第2、3层级的排名前十的功能相对丰度柱形图也是有的哦，在这就不一一列举啦。

图3

图4是功能丰度聚类分析的热图，主要是依据那些排名前35的功能以及他们在每个样品中的丰度信息绘制而来，并且从功能差异和样品层面进行聚类。纵向为样品信息，横向是注释到的功能信息，左侧聚类树为功能的聚类树，上方的聚类树为样品间的聚类树，颜色偏红色代表某一功能在某一个样品中的含量越高，越偏蓝色代表含量越低。

图4

图5是不同样品间功能的PCA的分析，图中不同的点代表不同的样品，相同颜色代表同一个分组，它们距离越近，代表他们的功能组成越相似。

图5

此外，我还可以对不同样品间的代谢通路进行比较分析，这部分主要是通过IPATH软件实现的，它目前可以提供3种不同通路的概括图，包括代谢通路、调控通路以及生物合成和次生代谢通路。通过对不同样品的代谢途径进行比较与分析，找出他们的共性和特性，特别是对它特殊代谢途径的分析，能够为进一步深入研究和利用样品的功能提供理论依据。

一口气说了这么多，如果您动心了，如果您也想以超高性价比对16s的数据进行功能的预测分析，那就赶紧来诺禾致源找我吧！

微生物业务线  姚美玲丨文案

王   迪丨编辑