9分多的LncRNA相关的表观研究是怎么做的？其实我不反对追逐什么赶时髦的课题，比如什么外泌体啊，自噬啊，环状RNA啊，肿瘤微环境啊。但是追逐高大上的同时，对于文献的学习，其实刚刚关键的是看清了解并且掌握文献的逻辑。所有的课题，其实也就只是换一个皮囊。内含的逻辑性，应该都是一致的。 今天讲的这篇文献，是发表在Nucleic Acids Research（IF=9.202）上的，主要讲的是一个LncRNA和表观遗传相互交错的故事。我们来看看这是怎么讲故事的： 首先，和所有类似的文献一样，要先确定肿瘤和这个LncRNA的关系。也就是肿瘤中，这个LncRNA高表达。 接着，为什么这个lncRNA会在肿瘤中表达量变高呢？他们分析了一些UCSC上对于这个基因DNA的表观分析，发现这个LncRNA启动子区域，有一个区段正好有大量的H3K27的乙酰化。这表示，这段启动子可能是被激活了。然后他们再用乙酰化的抗体进行ChIP，验证了一下，发现肿瘤中这个LncRNA的启动子区段可能是被过度激活了。 接着，就是表型的验证，通过柯霍氏法则，进行敲减和过表达LncRNA的表型验证，证明它对于肿瘤的迁移侵袭和增殖有密切关系。 表型验证也是从体外实验，一直到体内实验，也就是动物实验。 为了了解这个LncRNA的机制，就在分析一下下游基因咯，敲减或者过表达后，下游基因的表达变化肯定会出现相应的改变，于是他们在敲减这个LncRNA后，做了个二代的转录组测序。这个真的是很烧钱，右边是做的差异基因GO分析。 接着用qPCR做了个验证，可以说这篇文献在各种验证和实验设计上做得还是很全面的。用qPCR就能验证这样的差异是否真的存在。 故事讲到这里可能有点接不下去了，但之前的故事基本上已经可以上五分了，对于深入的机制，他们也是有想法的。文章中写道，这些下游基因被调控，很可能就是由于表观调控导致的，也就是DNA甲基化。于是他们用RPI-Seq网站进行了预测（这个昨天讲过了哈，没看过点这里），把所有的和DNA甲基化相关的蛋白和这个LncRNA进行了分析。发现了俩蛋白与这个LncRNA有关，接着用RNA ChIP验证了一下。Bingo，发现这俩甲基化蛋白结合了这个LncRNA后形成了复合体。 但有了这相关的作用蛋白之后，那LncRNA对于下游基因的作用机制，就肯定是通过这两个蛋白来进行作用的，也就是，之前分析获得的LncRNA的下游基因，应该也是这两个甲基化蛋白的下游基因。那敲减这两个蛋白的话，下游基因也会发生变化，于是他们用这个取交集的方法筛选出来一个直接下游基因。 那这个基因是下游基因的话，是一个与LncRNA负相关的基因，也就是说这个基因应该有抑制增殖和迁移的表型。于是他们又用柯霍氏法则，来验证了一下这个最下游的靶基因与表型的关系。
对于细胞核和细胞质的RNA分离后，进行qPCR分析，明确了，这个LncRNA在细胞质和细胞核内都有表达，细胞核内的可能是作为两个甲基化修饰蛋白的支架，那细胞质中呢？
于是他们又分析了一下可能和这个LncRNA互为ceRNA的基因。也就是和这个lncRNA正相关的下游基因，也就是会促进肿瘤增殖和迁移侵袭。验证后，确定这个基因也是与细胞增殖和迁移侵袭有关的。这样下来整个故事就完整了。
我们看一下哈，这个故事有些什么，首先是有最初的这个LncRNA产生的原因，也就是肿瘤中启动子区域的组蛋白乙酰化，导致LncRNA的过表达。释放到核内后，就与两个甲基化修饰蛋白结合，形成复合体，然后抑制了抑癌基因的表达。释放到细胞质后，与MiRNA结合，促进了另一种癌基因的表达，导致了最终肿瘤的表型。 …华丽丽的分割线… 李莫愁博士：下面这个就是整篇文章的思路：
虽然对于下游基因的验证研究，有点一块馒头一块糕，但是，仍然可以看出，整篇文献的思路很有条理性。好了，今天就先策到这里吧。 |
|
|
