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我叫林平之，是莫愁师姐的师弟，也是万年NPC。好吧最近我在做的课题是LncRNA，哈哈哈哈，鲁老板可能是喝了假酒，要我做一个高大上的LncRNA研究。那这样的研究就需要研究RNA和蛋白的联系了，那对于我这样的菜鸟要咋办？ 莫愁：其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下，你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用，然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的： 预测的话，可以推荐你这个网站哈： 这个网站是专门分析RPIseq的网站，最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去，然后点确认。 会得到这样的结果，也就是会反馈出一个RF值和一个SVM值，这两个都是回归方法的数值，一个是随机森林（Random Forests,RF），另一个是支持向量机(Support Vector Machine,SVM)，这俩讲了你也不会明白的，就只要知道，这俩数值一般大于0.5之后，才有意义，可作为预测会相互结合的结果。 当然还可以同时分析多个RNA与单个蛋白之间的相互关系。 PRIseq的网址：http://pridb.gdcb./RPISeq/index.html 会得到这样的结果。同样也可以分析单个RNA与多个蛋白之间相互关系，这个就方便来进行筛选了。 还有一种功能是调取蛋白与RNA互作的数据库，也就相当于是外链。之间输入蛋白序列，然后确定BLAST的e值范围后，就可以得到结果了。 这些结果之间导向到各个数据库。 点进去，就能看到别的数据库里获得的结果了。 …华丽丽的分割线… 李莫愁博士：在实验前先进行预判，我们就能更有目的地做实验。那问题来了，需要怎么样来分析和预判可能的蛋白到底是啥呢？我们可以这样想，lncRNA如果本身没有什么实际的转录抑制或者转录激活作用，那它的这些作用肯定是和相关的转录因子或者转录调控相关的其他蛋白有关系，比如一些表观的甲基化修饰相关基因等等。这样我们就能有目的性地进行分析和预判了。多筛选一些，就能获得更多信息了。通过lncRNA的靶基因，与转录调控及转录前调控相关的基因的靶基因进行交集（这句话好拗口），进行选择。 当然，作为预测之后，仍然需要用实验来进行证明。否则这就是没有实际依据的了哦！这个网址在帖子里写清楚了哈，自己仔细看帖。好了，今天就先策到这里吧。 |
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