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非编码RNA中的lncRNA和circRNA相当于一类分子研究方法都一样。 自证身份： 研究非编码RNA的时候当筛分子的时候筛到一个分子，第一个事情就是要证明这个是一个非编码RNA，证明它不编码蛋白。看编码不编码，首先要看序列，DNA的数据库用NCBI的，miRNA用数据库miR base。lncRNA用noncode.org。知道序列后通过分析信息看这段序列是否可以编码一段连续的氨基酸链。ORF叫开放阅读框，是从起始密码子开始到终止密码子的一段连续的能编码氨基酸的核酸序列。看是否是编码RNA就看是否有超过100个碱基的ORF。用NCBI的ORF finder可以预测ORF。lncRNA还可以编码短肽，在机制中可能有用。 lncRNA筛的话难度很高而且很费钱，可以从已报道的文献中去猜分子。 circRNA是由特殊可变剪切完成的，主要位于细胞质中，大部分来源于外显子，少部分内含子来源的存在于细胞核中，参与转录调控。由于是环状结构因此不易被降解，比较稳定。保守型也比较高。也有一些可以翻译出短肽片段。 拿到筛出的lncRNA后，就开始做分子与表型的关系，一样的套路，先检测基础表达，用实时荧光定量PCR或者northsern blot，优先选择表达量高的分子做。也可以选择fish，荧光原位杂交，这样还可以定位lncRNA。 第二步做基因操作工具，如果lncRNA定位在细胞核，使用RNAi技术将会效果很差，因为siRNA主要在胞浆起作用。可以使用基因敲除直接把lncRNA的编码基因给敲了就行，外包。。 第三四步细胞和动物都和功能基因的表型验证差不多。 第五步回复验证可以把被敲掉lncRNA基因的细胞再过表达该lncRNA。 lncRNA和circRNA的功能很多样，但是总结起来就三点： 1.可以作为miRNA的分子海绵，像海绵一样吸引和调控miRNA， 2.调控转录，和转录因子关系密切， 3.编码小肽
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