资本的迅速涌入并没有给民营医院的整体发展带来预期的积极影响，由于多方面原因，民营医院的发展并不如人意，在数量增长的背后，市场占有率反而下滑、亏损面相应不断扩大。
知名医院管理咨询专家、中华中医药学会社会办医分会副主任韩晓峰甚至认为，危险的漩涡正向民营医院逼近，他说，在所谓的政策暖风不断吹来的情况下，在民营医院的床位增长速度（17.1%）倍量快于公立医院（6.7%）的趋势下，民营医院的门诊量在下降，民营医院持平与亏损的阵营不是在缩小而是在扩大。
1亏损经营占多数
2005年，一份“医改不成功”的报告如同晴天霹雳，将众多民营医院刹那间推上了尴尬的处境；新医改6年来，虽然国务院各部门相继出台了在社会资本办医、医保审批、医生多点执业等方面的相关政策，但相应的玻璃门与不平等待遇依然存在。政策上的矛盾与掣肘、医疗广告、税收负担、医保限制、“以药养医”及“人才流动”的限制，无不制约着民营医院的发展前途。
民营医院的迅速崛起，应当归属于2000年2月发布的《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》。该意见提出要“建立新的医疗机构分类管理制度，将医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理”。在政策的推动下，民营医疗机构蓬勃发展，作为医疗市场的“新生儿”，2001年以后，民营医院开始大量出现。民营医疗机构以其强烈的市场意识、服务意识、竞争意识、经营意识，给医疗市场带来了一股强劲的冲击波，这部分“草根”机构已经成为公共医疗卫生事业的重要补充力量，给整个医疗体制带来了竞争和活力。
但即使这样，与公立医院相比，民营医院相对还是弱势。首先其被定为营利性医院，一般只享有3年的税收优惠。而公立医院尽管已经“公益”性质淡薄，但依然享有免税和财政补助的利益。另一个似乎是“与生俱来”的恶疾，就是民营医院的虚假广告问题。民营医院靠市场吃饭，必须大力推销，但他们普遍缺乏公立医院在广大患者心中的信任度和美誉度，于是急功近利，结果造成“恶性循环”。经过四五年，数量上大大增加，但是民营医院在患者，尤其是城市患者心中，地位依然很低。在早先时候，一业内人士称，目前南京的民营医院有60％以上是在亏损运营，大部分已濒临倒闭。
中国非公立医疗机构协会负责人说：“行业里普遍感觉和认知是，非公医院能够不亏损的也就30%——35%。”
此外，民营医院的困境从官方数据里也可看出。国家卫计委“2015年1月——5月全国医疗服务情况”显示，2015年1月——5月，全国医疗卫生机构总诊疗人次达31.1亿人次，在医院分类中，公立医院10.8亿人次，民营医院1.3亿人次；2015年1月——5月，全国医疗卫生机构出院人数达8363.2万人，其中公立医院5579.2万人，民营医院813.2万人。民营医院诊疗人次占比不足11%。
2不好切的蛋糕+5年以上的烧钱游戏
在经营过程中，虽然民营医院市场意识、服务意识、竞争意识都很强，但其不利因素也很明显。民营医院生存竞争压力较大。
首先是医疗队伍和技术力量薄弱、人才队伍不稳定，难以吸引和留住技术骨干。一家不愿透露姓名的民营医院负责人说，医院创办至今，人才引进一直是个难点。许多本地的大中专毕业生不愿意到民营医院工作，医院培养的几位医生也先后离开了医院。
其次，民营医院办医成本较高，资金投入难解决。民营医院起步相对较晚，无论是名气、地位、信誉，都不能与公立医院相比，要在激烈的竞争中争得一席之地，不得不花大把钱做广告。此外，民营医院要扩大规模，基础建设、设备引进等都需要大量的资金，难免出现捉襟见肘的窘迫局面。
生存的压力，还来自“兄弟”间的竞争。除了大规模的广告战外，医院的经营似乎已经进入另外一个怪圈，价格战不断上演，变相价格肉搏战使医院毛利率持续下滑，除此之外，强调医疗设备的的先进性，医护人员的专业性以及权威性，已经成为所有医院的共同长期的主旋律。
民营医院“遍地开花”，市场“蛋糕”却并没有同步变大，公立医院纷纷涉足原本的冷门病种。民营医院凭什么在众多同质化竞争对手中脱颖而出、获得众多顾客的青睐？
医疗是比较特殊的行业，属于中长线投资，不同于商业、房地产。据业内人士介绍，国内民营医院的投资回报期最少应该在5年左右。尤其是新建医院，取得回报通常是个长期的过程。若并购现有医院，这一过程会大大缩短。但并购现有医院过程中往往隐含职工意愿、政府干预、产权界定等一系列大问题。其他方式诸如托管、共建，前路亦非坦途。
有人预计，接下来两年将是民营医院的倒闭年，各位投资者，你的决定明智了吗？
