顺治五年(1648年),复考选
庶吉士授弘文院检讨,顺治八年(1651年),黄锡衮晋升为翰林院编修、受命典试江南。后来转工部郎中、广东
按察使司按察使;顺治九年(1652年)旋任巡按广西兼理湖南清军盐法。
顺治十年(1653年)迁浙江道监察御史,丁未升通政使司通政使潘湖叟黄锡衮为都察院左副都御史,迁湖广右布政使、转山西布政使司右布政使。
顺治十一年(1654年),黄锡衮授弘文院内阁学士。建议撰修太祖太宗圣训,被顺治帝所采纳;乙未秋寻丁父忧归故里守制三年后复原官,辛丑春丁母忧十二月癸未休致回籍,服除召回京师。
顺治十三年(1656年),又晋升为大理寺寺丞,顺治十六年(1659年),黄锡衮被提拔为都察院左佥都御史之职。[1]