别人的启动子课题都是怎么设计的 原创 2017-05-04 C君 GCBI知识库 GCBI知识库 GCBI-lib GCBI，是一个发现和创造基因知识的地方。GCBI注重知识的科学性、权威性、丰富性和创新性，为科研工作者提供更为优质便捷的资源，包括文献分享、经验技术和最新资讯等。GCBI吸收了大数据、新知识和新技术，输出的是医学创新的动力引擎。 miRNA promotor “GCBI课程系列之课题设计” C君 | 文 DNA …… 外泌体 lncRNA 之前介绍了很多从测序开始的实验思路，那当我们找到了一个影响细胞功能学的基因，接下去分子机制怎么做？ 第一种想法是往下游走，看它参与了哪些代谢通路，它的靶基因是什么，通过怎样的一个调控最终影响了细胞的功能。另外一种思路是往上游走，看看是什么原因导致了基因的异常表达。
那基因的表达和什么相关？ DNA甲基化、组蛋白修饰、转录因子、增强子、启动子等（转录调控原件+转录调控因子），做上游实验就可以从这些点入手。 A T -?- 启动子课题设计 G C 今天的周四课堂王刚老师介绍了启动子相关课题怎么去做。
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力 彑 -?- 内容概要 夂 小 本次课程以两篇文章为例，一篇从分子机制出发，一篇从临床出发。
第一篇文章：套路简单 HIF-1α binding to AEG-1 promoter induced upregulated AEG-1 expression associated with metastasis in ovarian cancer. PMID: 28401704 IF: 2.915 Cancer Med. 2017 Apr 12 这篇文章首先验证了AEG-1的上调和卵巢癌的转移相关，那是什么导致了AEG-1的上调？
在最开始列举了很多与基因表达相关的因素，如果没什么线索，就可以从启动子入手，它是基因转录的“开关”嘛。两种可能性，一种是启动子本身突变导致基因异常转录，也有可能是什么因子活化了启动子区域。
这篇文章属于第二种情形，发现缺氧诱导因子HIF-1a可能会诱导AEG-1的表达。怎么证明？还是两件套，过表达和干扰HIF-1a，看看AEG-1的表达是否受到影响。事实证明就是这样的。  图 HIF-1a诱导了AEG-1的上调和增强了OVCAR3细胞的侵袭能力
那HIF-1a怎么调控AEG-1的表达呢？比较难解释的部分大家还是看视频吧。
总结下文章的思路：找到一个影响细胞功能学的基因，推测其上游因子，对上游因子进行过表达或干扰验证两者关系，最后研究调控机制。
安利来了…… 像这种找上下游调控有什么工具？ 调控雷达——输入基因即可以查询到相关的转录因子，上下游基因，miRNA和lncRNA. 比如文中的AEG-1，通过调控雷达可以看到它的转录因子，靶向miRNA和相关lncRNA。  第二篇文章：临床角度出发 The TERT promoter mutation incidence is modified by germline TERT rs2736098 and rs2736100 polymorphisms in hepatocellular carcinoma. PMID: 28416747 IF:5.008 Oncotarget. 2017 Feb 18 TERT(端粒酶逆转录酶)启动子突变与人类癌症相关。这篇文章作者首先统计了较多的样本，发现TERT启动子突变和肝癌的预后显著相关，并确定了两个热门突变位点rs2736098和rs2736100。  图 肝癌病人中rs2736098和rs2736100和TERT启动子突变的关系 更多细节请参见课程视频。 只有学习能让我快乐系列  课题设计类 meta分析类 生信分析类 外泌体系列 工具系列 一键获取基因的TF，miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络
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