教你用ggtree绘制高颜值进化树 原创 2017-05-05 Y叔 微生物生态 微生物生态 microbial-ecology 总结国内外微生物生态领域最新文章、技术、方法等,由相关领域年轻硕博士执笔,以高水平文献为依据,秉承“走心”、“原创”、“严谨”、“实用”、“非盈利”的宗旨撰写每一篇文章。“Ideas worth spreading”感谢关注与分享~
图片来源:http://dx./10.1128/AEM.02307-16 图片来源:http://journal./article/10.3389/fmicb.2017.00543/full 图片来源:http://journal./article/10.3389/fmicb.2017.00456/full 上述所有高大上的树状图都是由同一个软件包做出来的——“ggtree”。ggtree是基于R的强大的树状图修饰工具,支持多种格式的输入文件并与其他R包兼容,可以轻松地实现对树状图的各种后期加工、修饰与美化。让你分分钟做出高大上的树状图,助力你发表TOP期刊,走上人生巅峰,赢取CNS...... 本期我们有幸邀请到ggtree的开发者Y叔撰文,通过一个有趣的实例来与大家一瞥ggtree的强大功能~
phylomoji本来是像上图这么玩的,也就是纯文本慢慢点,调整线条位置。当然纯手工有纯手工的乐趣,不过纯手工很多效果搞不来,比如你搞个circular layout的树来试试,绝对搞不出来。然而我们有ggtree和emojifont啊,这些都小事一桩。
Phylomoji 下面这个tree_text是正常的nwk格式,只需要传parse=”emoji”给geom_tiplab,见证神奇的时刻就到了。 library(ggtree) , seedling);'' p <> ggtree(x, layout=''circular'') + 要画环形树也是同样简单!
这个环形树可以随意指定开口角度,转变成扇子型状! open_tree(p, angle=200) 还能随意旋转! open_tree(p, angle=60) %>% rotate_tree(-75) 注释clades 这个也是同样简单,同样也是parse=”emoji”产生奇迹。 set.seed(123) Apple Color Emoji 用苹果的emoji也是可以的,不过得产生为svg图形,在safari里打开: library(ggimage)
References Yu, Guangchuang, David Smith, Huachen Zhu, Yi Guan, and Tommy Tsan-Yuk Lam. 2017. “Ggtree: An R Package for Visualization and Annotation of Phylogenetic Trees with Their Covariates and Other Associated Data.” Methods in Ecology and Evolution 8 (1): 28–36. doi:10.1111/2041-210X.12628. 作者简介:
人赞赏
阅读 |
|