交互式探索进化树

https://twitter.com/drandersgs/status/965996335882059776

推特上@drandersgs的推文，演示了ggtree+plotly进行交互树探索进化树。我们先看图：

代码很简单：

# LOAD LIBS ---------------------------------------------------------------
library(ape)
library(ggtree)
library(plotly)
# CREATE A TREE -------------------------------------------------------------
n_samples <->20
n_grp <->4
tree <- ape::rtree(n="">
# CREATE SOME METADATA ----------------------------------------------------
id <->
set.seed(42)
grp <->1:n_grp], size = n_samples, replace = T)
dat <- tibble::tibble(id="">
                     grp = grp)
# PLOT THE TREE -----------------------------------------------------------
p1 <->
metat <- p1$data="" %="">%
 dplyr::inner_join(dat, c('label' = 'id'))
p2 <- p1="">
 geom_point(data = metat,
            aes(x = x,
                y = y,
                colour = grp,
                label = id))
plotly::ggplotly(p2)


但如果你对ggtree熟悉的话，我想你应该知道这个图的产生可以用更加ggtree、更加简单的方式：

p1 <->这一句后面的代码，其实干的就是下面一个语句而已。

p2 <- p1="">+% dat + geom_tippoint(aes(color=grp))


但上面这个p2用ggplotly的时候，就会报名，因为我在ggtree里写的这个geom_tippoint是没有写一个函数去翻译成plotly的，这个有待以后去写，要想让plotly真正支持ggtree，还要很多事情要做的。但起码简单一些的事情，比如像上面这个，去zoom in, zoom out, 鼠标停留在节点上，看一些相关的注释，还是可以做到的。

交互式可视化，我在ggtree中也写过一点功能，请移步《交互式操作进化树》。

另外关于ggtree和其它包合体，以相互扩展功能的，例子还有很多，比如：

• align genomic features with phylogenetic tree

• ggjoy facet with ggtree

• phylomoji：用emoji画进化树

• 漫画版的进化树你见过吗？

• Y叔不想养蛙，只想养你！

分别是和ggbio, ggbridges，emojifont，comicR和ggimage包的合体。

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