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生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一，大量lncRNA数据不断积累和各种资源数据库被开发出来，使我们更加方便地查询和研究。 数据团队整理相关文献总结出了24个数据库和工具。接下来我们会对每个数据库和工具进行一个简短的总结，并提供相关的链接和文献。 我们以前介绍过12个lncRNA数据库和工具，这期将进行全部整合。 1. Noncode NONCODE v4是一个全面的综合注释数据库，数据由二代高通量测序技术产生，涵盖所有类型ncRNAs，（除了rRNAs and tRNAs）。 NONCODE的优势之处在于其ncRNA注释，提供编码能力评估，位置信息，表达信息和潜在功能以及共表达等信息。另外它还对先前的基因芯片数据重注释，以获得更多的lncRNA表达信息。 2. LncRBase LncRBase是一个基于特征序列（如CGIs和重复序列）来分析IncRNA功能的注释数据库。 2015年11月，LncRBase收录了83201个鼠的和133361个人类的ncRNA转录本，分析内容包含“lncRNA-ncRNA互作”或“Alu repeat elements”结果。 3. lncRNome lncRNome是专门收集人类lncRNAs信息的知识数据库，包括疾病、表达、生物功能和表观遗传等相关信息。 4. NRED NERD是一个发育和分化相关的基因芯片数据库，包含各种组织特异表达的lncRNA。 用户可以在特定的器官，部位和细胞中查询lncRNA的表达情况。 5. C-It-Loci C-It-Loci收录了来自人类、鼠和斑马鱼的组织特异性IncRNA数据库。它考虑了lncRNAs序列的保守性，能使用物种间保守性区域或位点来识别相关 6. Co-LncRNA Co-LncRNA提供了lncRNAs共表达、GO注释和KEGG通路的富集分析结果。数据主要来自细胞系和人类样本的RNA-Seq实验数据。 7. LNCipedia LNCipedia是一个人类lncRNA转录序列和结构的注释数据库，使用二级结构信息建立了一个标准统一的分类和命名体系。 lncRNA信息包含编码能力评估，预测开放阅读框和二级结构等信息。 8. LncRNA2Function LncRNA2Function是一个lncRNA功能注释的数据库。LncRNA2Function注释了来自GENCODE数据库的lncRNAs，结果包含通路注释和GO注释。 9. lncRNABase (starBase) v 2.0 Starbase是一个lncRNA与其他分子相互作用的数据库。主要使用CLIP-seq和CLASH等实验数据来支持mRNAs，miRNAs，RNAs，蛋白质和其他各种类型 10. lncRNAdb LncRNAdb是一个真核生物的lncRNA综合数据库。数据库包括特异的序列结构信息，如转录本、基因组位置、表达、亚细胞定位和保守位点以及相关的功能和疾病。 11. fRNAdb fRNAdb结合了SRE和CGI信息以及表观遗传学数据（甲基化、组蛋白修饰），以提高lncRNA的准确性。 12. Linc2Go Linc2Go是一个lncRNA的功能注释数据库，它基于ceRNA假说，即假设lncRNAs与microRNAs相互作用来抑制mRNA的转录，从而预测lncRNA功能。 13. ChIPBase 在哺乳动物中存在大量高度保守的lncRNA，这些lncRNAs可能具有调控细胞功能的作用。coding/non-coding gene co-expression(CNC)预测是一种基于网络拓扑和特征来预测lncRNAs可能的功能。 ChIPBase使用染色质免疫沉淀结合深度测序(ChIP-seq)数据来连接lncRNAs与表观遗传因子，并且整合了转录因子(TF)-lncRNA、TF-miRNA TF-miRNA-miRNA和TF –ncRNA等调控关系。 ChIPBase结合转录因子结(TFBS)的组织特异表达谱来预测TF与lncRNAs作用关系，来阐释其在转录调控，染色质重塑和组蛋白修饰中的关键作用。 14. lncRNASNP lncRNASNP是一个SNPs对lncRNA以及结合miRNA能力的影响的信息数据库。LncRNASNP提供结合位点，自由能能和互作的结合分值。 此外，LncRNASNP提供了单个SNPs对lncRNA的二级结构影响的可视化示意图。 15. LncRNADisease LncRNADiseas是收集各种实验验证的与lncRNA相互作用的信息数据库(蛋白质、RNA, microRNA，DNA…)，通过对疾病的聚类和序列的保守性（SNP的 16. Lnc2Cancer Lnc2Cancer是人工收集1500多篇已发表的论文，提取了531个lncRNAs与86种癌症相关的1057个作用关系。数据库包含lncRNA在癌症中的表达水平(上升或下调)。 lncRNA相互作用分析 17. ncFANs v2 ncFANs是一个用于注释基因芯片中包含lncRNAs的分析平台，它通过蛋白与lncRNAs共表达(CNC)网络来注释lncRNAs的功能。 18. lncRNAtor lncRNAtor是一个包含表达谱，ncRNA-蛋白结合和进化分值和编码能力注释的LncRNA序列的数据信息平台。LncRNA-蛋白结合是lncRNAtor一个特有功能。 此外，lncRNAtor提供了一个器官、癌症、药物、组织和发育阶段等RNA-Seq数据的整合分组。 19. lncPro lncPro工具是一个为数不多的专门用于预测lncRNAs和蛋白质相互作用的工具。 与lncRNAtor通过使用差异表达数据来确定结合作用不同，lncPro是使用机器学习的模型，通过对lncRNA二级结构、氢键倾向和范德瓦尔斯力进行计算，从而对lncRNA-protein配对关系进行预测。 20. DIANA-LncBase DIANA-LncBase是一个用于分析lncRNAs在人类和鼠中的生理和病理的影响。通过ORF方法来识别lncRNAs，并且显示lncRNA-miRNA互相作用。最后，使用序列保守性、人类lncRNA和蛋白质转录本对其进行功能注释。 21. lncRNAMap lncRNAMap的是一个人类lncRNAs全面整合的数据库。lncRNAMap提供lncRNA沉默干扰后的信息。 从公开的siRNA文库或siRNA-target的深度测序数据来预测miRNAs和siRNA的靶lncRNAs。 22. TF2LncRNA TF2LncRNA工具月用于评估TFs与lncRNAs之间的相关性。使用超几何检验对ENCODE数据库中的ChIP-seq数据进行基因本体(GO)或通路富集的统计评估。 对于lncRNA-TFs查询，使用Benjamini-Hochberg法对于p值的统计校正。 23. TANRIC lncRNAs作为癌症关键分子的作用不断认识，TANRIC包含大量RNA-Seq数据集，允许通过生物学意义和药物敏感对lncRNAs临床研究进行探索。 使用20种癌症的表达谱包含TCGA和和其他独立的数据集（共计8000多个样本），TANRIC包含lncRNA的生物分子及临床信息之间的关联分析并且支持可视化，例如，热图和聚类。 24. LongTarget LongTarget是一个来预测lncRNA-DNA结合motifs和结合位点的工具。按照6个Hoogsteen和18个反向Hoogsteen规律来分析lncRNA和DNA序结结合并预测TFO和TSS。 lncRNA分析流程 赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。 |
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