如何可视化的阅读基因组数据，寻找突变、比对和基因？

Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型，包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。

首先，我们来看如何进行IGV的安装：

在安装之前，需要确认电脑是否安装Java：

在安装好java后，就可以下载IGV进行安装：

http://software./software/igv/download

下载好后，直接点击进行安装：

映入我们眼中的便是IGV的界面

比如我们可以选择输入我们感兴趣的基因：

我们可以选择旁边的放大缩小从而可以观察相应基因在基因组位置中的情况：

如果这个时候，我们想知道，EGF的5‘UTR的情况：

不断的放大后，我们便可以了解相应的序列

如果说，我们手中有相应的各种测序数据，那么我们如何观察测序数据的情况那？

比如我们有基因组测序数据，那么我们如何直接比对基因位置的插入删除？

对于染色体的变异情况，有染色体的删除、插入和染色体的重排：

则可以直接进行观察染色体的相应情况，其中红色代表删除，蓝色代表插入

对于不同的测序数据而言：

测序的reads也有相应的情况：

可以直接在IGV中观察测序reads的分布情况和改变情况：