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对照实验也是一门学问

 微笑如酒 2017-07-02

师弟今天又被导师骂了!今天的组会上(对,你没看错,就是周末开组会),师弟的WB中目的蛋白没出阳性结果,一片空白!但这并不是导师发火的原因。师弟的报告中没有做GAPDH的对照,这也不是老板发火的原因,真正的原因是师弟觉得GAPDH对照做了那么多次了,没问题的,减少点工作量,偷了懒,还说得很在理。

如果师弟有阳性结果,一切都OK,但结果是阴性的,导师其实很难判断某些科学问题的,是认为结果就是这样,认了?还是怀疑是学生的操作是否有问题?老板不发火才怪呢!

这种实验操作的偷懒行为在实验室中还是挺常见的。

阴性对照、阳性对照GAPDH


为什么要做对照实验呢?

比如,你想知道“煮沸”这个操作是否能够延缓牛肉腐败的时间。如果你仅仅是煮沸了一块牛肉,发现3天牛肉没变臭,你并不能说是“煮沸”而不是这块牛肉本身就不容易腐败,造成了牛肉3天没有变臭。这个时候你拿出另外一块牛肉,没有煮沸,而是直接放在一边观察它的腐败过程。你发现这块牛肉2天就变臭了,通过对比,你发现煮沸使牛肉的腐败过程延缓了1天,这时候你才能下结论。

以前课本上写了很多名词,阴性对照、空白对照、阳性对照、实验组、对照组、控制组,看之前本来还知道对照实验啥意思,结果一看,反而都不懂了,傻傻分不清楚啊!

1.在生物对比实验中,只有一个变量。在这个变量中,接近现实生活的叫对照组,而偏离现实生活的叫实验组(experimental group)例如你敲掉了某个蛋白,做WB实验,GAPDH组是对照组,而你要验证你的细胞中某蛋白是否被敲掉,这个是实验组。

2.空白组是指不给予任何处理的对照,这在动物实验以及实验室方法研究中常采用以评定测量方法的准确度以及观察实验是否处于正常状态。

临床上的空白对照(No-treatment Control)临床试验中选定的对照组并未加以任何对照药物,称为空白对照。

而阴性对照和空白对照不同,阴性对照可采用安慰剂。

3.控制组(control group)是指不接受实验处理的被试组。控制组和对照组的概念是比较类似的,在咱们的科研中基本上认为他俩就是同一概念。

一个实验设计中,一般不会区别对照组、空白组及控制组,可根据你的实验目的做出合理的对照组安排,需要时会加入空白组。控制组往往会与对照组或空白组相似,所以不需要严格区分定义,能满足实验目的并能得出可信结论就行。

 一只老鼠一生最大的悲哀,估计就是,上手术台前才发现自己只是对照组。


阴性对照、阳性对照、空白对照

阴性对照(negative control)阳性对照(positive control)是针对“预期结果”而说的。凡是肯定出现预期结果的组,为阳性对照组。凡是肯定不会出现预期结果的组,为阴性对照组。

空白对照(blank control)是针对“处理因素”而说的。凡是不加处理因素的组,为空白对照组。所谓不加处理因素,可以是用生理盐水等溶剂代替所要加的溶液,也可以是给实验动物开刀但是不摘除某个器官,等等。

阴性对照和空白对照不一定能画等号。两者的区别在于,空白对照没加处理因素,阴性对照加的是别种处理因素。

阴性对照的目的是排除假阳性,阴性对照就是一个确定肯定已知是阴性的东西,如果结果出来这个样本显示阳性了,说明你的实验有问题,阳性对照的目的是排除假阴性

阳性对照就是一个确定肯定已知是阳性的东西,如果结果出来这个样本测不出阳性反应,说明你的实验有问题。空白有的时候可以当作是一种阴性对照,空白的特别意义在于测定实验的背景噪声。也就是说空白样本被测得到的数值,告诉你未知样本的读数当中,有多少数值是背景,多少是真实特异性的反应所得。

例如,我要做一个TGF-β的ELISA检测实验,我都做了哪几个孔呢?空白孔(啥都没加)、阴性对照孔(0孔)、实验组(样本)、阳性对照孔(标准曲线孔)。

咱们在文献中经常看到一些其他的名词,比如正常对照Normal Control,这是阴性对照的意思,还有一些做mRNA敲除或者lncRNA敲除实验中对照会用mock、scramble等字眼,这里面指的是你所使用的siRNA或者shRNA的载体,如果是空载体作为对照就称之为mock,而如果把siRNA、shRNA序列打乱作为对照就是scramble对照组,两者最好都做一下,这样比较严谨。

'The scramble sequences mean the nucleotides are randomly added with no any target sequence tracks. In different lab, people make different scramble sequences as negative controls in their experiments.'

我最后给师弟出了个馊主意:你那么实在,你在报告里放一个以前做过的GAPDH的对照图片不就行了嘛,笨!

 

References:

1. What Is a Control Group? Anne Marie Helmenstine. June 29, 2017

2. What Is the Difference Between a Control Variable and Control Group? Anne Marie Helmenstine

3. What Is the Difference Between Control Group and Experimental Group? Todd Helmenstine. April 24, 2017


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