喜 报
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拥有一流的测序平台（Illumina）和先进的质谱平台（Q-Exactive），专业提供基因组、转录组、宏基因组、单细胞测序、目标区域测序、外显子组测序等测序技术服务及蛋白组、代谢组等服务，更能提供多组学解决方案，满足各类科研需求。 喜 报 近日，国际著名学术期刊《Global Change Biology》（IF:8.502）发表了题为“ Decreased plant productivity resulting from plant group removal experiment constrains soil microbial functional diversity”的论文，在研究植物生产力如何影响微生物功能多样性方面取得重大进展。论文第一作者是中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所的张西美博士，中科院沈阳应用生态研究所的韩兴国研究员与张西美博士为该论文的共同通讯作者，美吉生物首席科学家任一博士参与该论文的合作研究。看到这篇文章的第一感觉：嗯，难道张老师又做了一波宏基因组？仔细阅读后才发现，原来该篇文章和张老师16年分别发表在《GCB》[2]与《The ISME Journal 》[3]期刊上的2篇多样性+宏基因组文章同为大型试验Inner Mongolia Grassland Removal Experiment（IMGRE）的不同部分。3篇文章累计影响因子26.668，分别从不同的生态学角度对同一项目的测序数据深度挖掘，创新性的证明了一系列假说，并挑战了部分传统生态学观点。 下面带上小板凳一起膜拜大神之作吧~~ 研究背景 人为环境变化正加速土壤微生物丧失的速度。植物多样性丧失意味着各种碳/能源的减少，并预期将导致微生物多样性的降低。然而，这种直观的假设缺乏实验数据的支撑，而且许多潜在的机制尚待探索。 研究思路 为了探究这一机制，在内蒙古草原设置了为期5年的植物功能群（PFG）移除实验。植物功能群包括多年生丛生禾草（PB），多年生根茎禾草（PB）和多年生杂草（PF）3种类群。分别去除0-1-2-3个植物功能群，共8种不同实验组合，重复取样后，进行宏基因组shotgun测序，分析微生物功能与结构的多样性组成。同时通过研究地上生产力的变化与土壤微生物的呼吸作用等来探究影响微生物功能基因组成变化的潜在机制。 研究结果 PFG的移除导致土壤微生物功能多样性的降低，但对微生物群落多样性的影响较小。然而，土壤微生物功能多样性的降低更多是由于植物生产力的丧失所导致的，而非某一PFG的移除。生产力的丧失限制了提供给微生物的新鲜植物资源，并因此强化了生态过滤、偏好负责能源生产/转换的基因、材料运输/代谢和氨基酸再循环的压力，从而导致许多具有其它功能的基因的丧失。此外，微生物呼吸作用与土壤微生物功能（而非群落组成）的变化相关。 图例解读 Fig. 1不同PFG组合和移除数目对地上植物生产力之间的影响；Fig. 2 PFG移除数量和地上植物的生产力对土壤微生物群落多样性（a，b）和组成（c，d）的影响；Fig. 3PFG移除数量和地上植物的生产力对土壤微生物功能多样性（a，b）和组成（c，d）的影响；Fig. 4地上植物生产力对土壤微生物群落和功能SES值（a）和确定性变化的相对重要性（b）的影响；Fig. 5 结构方程模型分析PFG移除对植物-土壤-微生物系统的影响。 研究结论 总的来讲，确定了驱动微生物基因多样性的碳/能源数量是连接地上和地下群落间的关键，这与植物群落多样性与微生物群落多样性相关连的传统框架相反。 参考文献 [1]Zhang X, Johnston E R, Barberán A, et al. Decreased plant productivity resulting from plant group removal experiment constrains soil microbial functional diversity[J]. Global Change Biology, 2017. [2]Zhang X, Johnston E R, Liu W, et al. Environmental changes affect the assembly of soil bacterial community primarily by mediating stochastic processes[J]. Global change biology, 2016, 22(1): 198-207. [3]Zhang X, Johnston E R, Li L, et al. Experimental warming reveals positive feedbacks to climate change in the Eurasian Steppe[J]. The ISME journal, 2016. 大家收起小板凳赶紧回家看看已经发表或者尚待发表的数据是不是从其它角度也可以再来几篇文章。没有测序数据的也不要着急，联系我们，小美将为您提供个性化的宏基因组测序方案，满足您的科研需求。2017，美吉与大家17努力！ |
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