关于基因的功能富集分析,大家最熟悉的就是GO和KEGG pathway分析了,除了R语言外,我们梳理4个功能富集分析的工具: 1. DAVID:https://david./ 相信大家都听过这个网站了,我们输入基因名,选择好物种后就可以直接用了: 选择物种: 选好物种后: 既可以单独看单个基因的结果,直接单击蓝柱子就可以: 又可以看综合的结果,单击chart就可: 结果可下载,各种图都可以自己画。 DAVID的使用怪阿姨也写过,参见文章:暴躁的EXCEL测序结果分析方法 2. FUNRICH:http://www./ 这个软件我们也介绍过:(工具篇)S5E47:圣器之——基因功能分析 使用更是简单,因为分析的物种仅限于人,所以直接导入基因名: 然后富集分析就好了: 结果可以直接出图: 3. String:https:/// 关于String,大家知道的最多的是分析蛋白相互关系,其实string也可以做GO和Pathway分析,选择多个蛋白后,输入基因列表后选择物种human: 就出来了我们看到的最多的图: 另外,在Analysis里面就可以看到GO和pathway的分析结果了: 同样,结果可下载导出。 4.GeneAnalytics:https://ga./ GeneAnalytics是GeneCardsSuite的一个网站,需要注册才能使用,注册后直接选择物种,人或者小鼠,然后输入基因名字: 单击Analyze就可以了,在结果中包括了组织、细胞、疾病、信号通路、GO分析、表型和化合物: 我们可以分别打开看: 这样的工具太多了,今天就介绍这四个,当然ClueGO也可以,画出来的图是这样的: 方法参见文章: |
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