在使用天然色素时，必须考虑下列因素，以作为选择之参考：
(1)色泽的需求：它可能需要混合两种或两种以上的色素，才能满足颜色上的需求。
(2)当该种食品在销售时，是否能满足国家的管理法规。
(3)物理形态的需求：一般而言，液态天然色素的成本比粉末状天然色素成本较低。
(4)食品的成分：主要考虑油脂的含量及单宁或蛋白质的存在，前者与天然色素的溶解性有关；后者的存在，会使花青素的使用受到限制；同时也决定了产品为澄清透明状或呈云雾状。
(5)加工条件：主要考虑加热温度及时间。
(6)pH：食品的pH值会影响色素的安定性，因此要注意色素种类的选用及色泽的呈现。
(7)包装：包装的透氧性及透光性均可影响天然色素的安定性，它还会影响到人们对天然色素的选择。
(8)产品的销售寿命及储存条件。
此外，天然色素的物理及化学特质各有很大的差异，因此在制定配方之前，应考虑下列物性因素：
(1)溶解性：如花青素及甜菜红为水溶性；而姜黄素、叶绿素及叶黄素则为油溶性；有些姜黄素及胭脂树籽红的混合物则可溶于水及油脂。
(2)物理形态：天然色素可为液态、粉末、浆状或悬浮液。当使用悬浮液时，必须注意在加工过程中，颜色会因为色素的溶解而产生变化。比如说β-胡萝卜素及胭脂树籽红悬浮液都会因为加工温度的提升，促进其溶解，产生变色现象。液态及浆状色素的黏度也会受到温度的影响，进而影响食品中的分散性，影响颜色的呈现。
(3)pH：大部分的液态、水溶性天然色素都是在其最高稳定性的pH值下所制成的，也各有其不同的稳定性pH值。
在加工过程中或食品本身的pH值超出该色素之稳定pH值时，就会产生变色作用。
(4)微生物污染：油溶性的天然色素由于仅含少量水分，因此较不易受微生物的影响；反之，花青素及甜菜红等水溶性色素因含有大量水分，甚至糖类，因此较容易受到微生物的污染而产生变色。
