MicroRNA也可以写做miRNA ,是一类进化上高度守的小分子非编码 RNA, 约21-25nt长的单链小分子RNA。它广泛存在于真核生物中,是一组不编码蛋白质的短序列RNA,其本身不具有开放阅读框(ORF)。成熟的miRNA,5′端有一个磷酸基团,3′端为羟基。 miRNA由基因组中某个基因座位转录生成具有5’端帽子结构和多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA。之后在Drosha/DGCR8作用下加工成为pre-miRNA,再经Exportin-5转运至细胞质。pre-miRNA经过Dicer的进一步剪切形成成熟miRNA,成为成熟的、大约21至23个核苷酸长度的链编码miRNAs。
miRNA作用机制主要表现为降解或抑制靶基因的表达。miRNA5’端2-8个碱基被称为miRNA种子序列。通过种子序列与靶 mRNA 的 5'-UTR和3'-UTRˊ区结合实现。通过种子序列与靶基因完全配对,促进靶基因去掉polyA 尾,降低mRNA稳定性,促进其降解。通过部分配对,抑制翻译。至今发现的大部分都是部分匹配。 miRNA的靶基因可以通过网站进行预测。基因的靶向miRNA也可以通过网站预测。以常用的Targetscan网站为例,网址:http://www./vert_71/。 1.选择查询物种,输入基因名称PCNA。下拉网页,点击submit。
2.进入查询结果页面,可以看到PCNA可能的靶向miRNA。同时,可以得到miRNA与靶基因可能结合位点信息。 3.在对话框内输入hsa-miR-578,点击submit 。
4. 进入查询结果页面,可以看到hsa-miR-578可能的靶向基因。点击Download可以将靶基因列表进行下载。
5. 点击第一个基因site in UTR,可以看到靶向microRNA与基因结合的位置以及相应的结合位点。 投稿作者: 沐阳 |
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