| 共 102 篇文章 |
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miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结 | 生信菜鸟团miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结。互相作用LncRNA vs. miRNA.lncRNA因其存在Introns等片段组成，长度可达数千nt，这就为吸附结合大量的miRNA提供了良好的物质基础，通过竞争占有胞内大量的miRNA，像海绵一样缓冲并削减其干涉靶基因mRNA编码蛋白的能力，我们就称这样的lncRNA与mRNA互为ceRNA关系，... 阅710 转13 评0 公众公开 19-12-13 23:42 |
miRNA研究分析方法整理1. miRNA靶基因预测分析。miRNA功能分析。基于miRNA的靶基因信息，分析miRNA的功能，主要包括GO富集分析和KEGGpathway富集分析，获得重要miRNA的功能。miRNA的功能分析，横坐标代表miRNA，纵坐标代表富集的功能。ceRNA调控关系图（彩色节点是miRNA，黑色节点是LncRNA，灰色是mRNA）4. miRNA测序分析。转录因子（TF）-mi... 阅1 转自王的宫殿7... 公众公开 19-06-30 17:38 |
miRNA(microRNA)成熟体命名规则如下：① 确定命名规则以前所发现的miRNA保留原来名字，如hsa-let-7。④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，例如hsa-miR-99a-1和hsa-miR-99a-2。此外，一个pre-miRNA的两条同源臂有可能产生出两个成熟的miRNA，其中表达水平较低的miRNA后面加上*... 阅5542 转14 评0 公众公开 19-03-29 12:51 |
打开pubmed,随便搜几篇RNA的文章，几乎每篇都有RNA荧光原位杂交(RNA-FISH)的身影，然而受限于实验仪器，技术或者经费的影响，对于一些童鞋来说，RNA-FISH始终如那海市蜃楼一样，可望而不可即。首先介绍原理，利用核酸分子的碱基互补配对原则，将人工设计的外源核酸片段（即探针）与细胞中的待测RNA互补配对，经变性-退火-复性，即可形成靶核酸... 阅2321 转20 评0 公众公开 19-03-27 15:45 |
Self-ligation原理：用5’端磷酸化RT Primer反转录，用RNA酶将RNA分解，用RNA ligase进行环化或形成首尾连接物，PCR扩增5’端未知区域，胶回收后DNA序列测定。原理：在紫外照射下将细胞内RNA分子与RNA结合蛋白进行偶联，细胞裂解，通过免疫沉淀将RNA与蛋白质复合体沉淀，核酸酶将共沉淀RNA切割，只保留蛋白质内部的RNA片段。RNA蛋白免疫沉促使... 阅194 转3 评0 公众公开 19-03-27 15:44 |
浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别引言在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。在一个样本中一个基因的RPKM等于落在这个基因上的总的read数(total exon reads)与这个样本的总read数(mapped reads (Millions))和基因长度(exon length(KB)) 的乘积的比值。在计算FPKM和RPKM时，都是先按列（也就是这个样本的总read... 阅3452 转15 评0 公众公开 19-03-15 12:50 |
生物医学大数据解读和分析——使用Cytoscape构建miRNA-mRNA网络(番外篇)一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的micro... 阅1 转自阿非ycfg 公众公开 19-03-06 11:28 |
老板就给了我个miRNA，我该做什么？星球上有个童鞋问我，老板就给了她一个miRNA和疾病的方向，让她自己考虑下一步要怎么办？miRNA和疾病之间，只有当miRNA的表达与疾病相关，才有可能将两者首先联系起来。与miRNA相关的基因，可以分为上游和下游两部分，首先是下游吧，下游就是所谓的靶基因：上游就是调控miRNA表达的，与miRNA相关的启动子有关... 阅100 转8 评0 公众公开 19-01-05 12:29 |
手把手教你如何用数据库查找 miRNA 结合位点 | 实验时间。可以见到两个文本框，第一个是写 miRNA 的序列，miRNA 查找基因序列一般用 miRBase 查找，第二个文本框是写预测基因的 UTR 序列，一般 miRNA 结合在 mRNA 的 3’UTR 区，所以一般下面输的是某 mRNA 的 3’UTR 序列，直接进入 NCBI 里找。现在咱们先用 miRBase 查找 miRNA 的序列。找到 ... 阅242 转11 评0 公众公开 18-08-29 11:29 |
批量miRNA的靶基因预测，不用代码怎么实现？具体来说是这样的：有同学说在做数据分析的时候通过GEO的芯片分析找到了几十条显著差异的miRNA，想对这些miRNA进行靶基因预测，下面是22条举例的miRNA：我们看到miR-223-3p和miR-223-5p的序列是不同的，而两条miRNA的previous ID分别是hsa-miR-223和hsa-miR-223*，而平时我们在文章里面经常见到的很... 阅1090 转13 评0 公众公开 18-07-12 22:41 |
