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今天我们不介绍文章了，回答一个问题：批量miRNA的靶基因预测，不用代码怎么实现？ 具体来说是这样的：有同学说在做数据分析的时候通过GEO的芯片分析找到了几十条显著差异的miRNA，想对这些miRNA进行靶基因预测，下面是22条举例的miRNA： 我们可以看到这里出现了miRNA的名字，但是出现了星号*等标记，我们前面在miRNA的名字，到底是什么意思？和3p还是5p，有必要区分吗？中说过，对于大多数miRNA来说，如果编号一样但3p和5p不同，其功能及调控的靶基因可能都是不同的，如miR-223-3p和miR-223-5p（通过mirbase查询）： 我们看到miR-223-3p和miR-223-5p的序列是不同的，而两条miRNA的previous ID分别是hsa-miR-223和hsa-miR-223*，而平时我们在文章里面经常见到的很多时候都是只出现hsa-miR-223或者hsa-miR-223*， 而不出现具体的3p还是5p信息，因此当我们看到这样信息的时候就可以通过mirbase（http://www./）查询了。 下面我们回到问题，当我们拿到22条miRNA后，我们可以通过以前介绍过的一个工具进行靶基因预测（我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……）， 工具：DIANA Tools，网址：http://diana.imis./DianaTools/index.php?r=site/page&view=software 我们用microT-CDS这个软件： 在搜索框中直接输入22条miRNA的名字后回车： 我们看到一个名字匹配到了多条miRNA，我们需要确定是哪一条，如果数量少的情况下，我们通过mirbase查询即可： 通过查询结果我们知道hsa-mir-96指的是hsa-mir-96-5p： 这样我们在界面选择hsa-mir-96-5p前面的箭头就可以了：
同样的道理，如果数量少我们可以一个个查，然后选择。 如果数量比较多的情况下，我们可以用mirbase的注释文件，需要进入FTP site：
然后选择aliases.txt.zip文件下载后打开：
我们看到hsa-mir-96*与hsa-mir-96-3p对应的是一个ID，这样我们就可以在Excel里面批量操作了。具体的操作方法大家可以通过Vlookup函数等实现，比较简单（不懂的同学可看这篇教程：(工具篇)：S4E07: 用Excel就能实现的几个逆天功能！） 好了，当我们选好以后在新的页面里面就出现了靶基因的情况：
每个预测的通过箭头可以打开：
右上角的红框里面可以下载：
简单筛选一下就可以了：
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