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前面我们讲过☞miRNA靶基因预测☜，我们知道miRNA靶基因预测一般是通过seed（种子序列）与靶基因序列互补配对来实现的。有很多本地版本的软件都是基于这个原理来预测miRNA靶基因的，例如☞targetscan☜，miRanda，RNAhybrid等等。这些软件都有本地版本，可以下载到自己的电脑上运行。一般输入都是两个文件，一个是miRNA的成熟体序列，因为miRNA的种子序列一般位于miRNA成熟体5'的2-7位（参考☞miRNA靶基因预测☜），另外一个输入文件就是你要预测的靶基因序列了，这里的靶基因序列可以是mRNA 3’UTR序列，也可以是lncRNA或者circRNA序列。 那么今天我们就来给大家分享一下如何获取miRNA的成熟体序列。首先我们去miRbase（http://www./ftp.shtml）数据库下载目前所有物种的miRNA成熟体序列文件mature.fa。关于miRbase的介绍可以参考☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载☜。 mature.fa打开内容如下 接下来我们给大家分享三种不同的方法来提取感兴趣的物种的miRNA成熟体序列 1. perl语言 #!/usr/bin/perl -w#打开包含所有物种miRNA成熟体序列的文件open FILE,"mature.fa";#新建一个输出文件，保存人的所有miRNA成熟体序列open OUT,">hsa_mature_seq.fa";#循环的读取每一行内容while($line=<FILE>){ chomp($line); #如果某一行匹配>hsa开始，证明这是人的miRNA #如果对其他物种感兴趣，需要知道这个物种的miRNA以什么开头，如小鼠的是mmu if($line=~/(^>hsa.*?) /){ #读取下一行就是对应的miRNA成熟体序列 $seq=<FILE>; chomp($seq); #写到输出文件中 print OUT "$1\n$seq\n"; }}#关掉输入和输出文件close FILE;close OUT;hsa_mature_seq.fa文件打开内容如下 2. R语言 #安装Biostrings这个R包BiocManager::install("Biostrings")#加载Biostrings这个包library("Biostrings")#读取包含所有物种miRNA成熟提序列的文件mir=readRNAStringSet("mature.fa")#替换序列名字，只保留第一个空格前面的内容#>cel-let-7-5p MIMAT0000001 Caenorhabditis elegans let-7-5p#替换之后变成了>cel-let-7-5pnames(mir)=gsub(" .*$","",names(mir))#提取以hsa开头的miRNA，如果对其他物种感兴趣#需要知道这个物种的miRNA以什么开头，如小鼠的是mmu，人的是hsaindex=grepl("^hsa",names(mir))#提取相应的序列hsa=mir[index]#写出到human_mature_mir_seq.fa文件中writeXStringSet(hsa, "human_mature_mir_seq.fa")human_mature_mir_seq.fa文件打开内容如下 3. 利用EmEditor正则表达式来提取miRNA的成熟体序列  |
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