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【科研热点】坏死性凋亡相关基因。细胞凋亡（Apoptosis）是哺乳动物细胞中发现的第一个程序性细胞死亡方式，除此之外，细胞中还有坏死性凋亡（Necroptosis）、细胞焦亡（Pyroptosis）以及铁死亡（Ferroptosis）等程序性细胞死亡方式。该综述将讨论了这些受调控的细胞死亡通路如何在特定的细胞类型中单独和相互连接地发挥特定的生理和病理功能。 阅1 转0 评0 公众公开 24-04-24 20:24 |
[原]TCGA数据差异表达分析 TCGA数据差异表达分析。3.第四期讲解如何下载miRNA数据4.第五期讲解如何通过R代码合并新版本TCGA中mRNA表达矩阵5.第六期讲解如何通过R代码合并新版本TCGA中miRNA表达矩阵6.第七期讲解如何使用R的shiny包，生成一个带有图形用户界面的工具，零代码合并新版TCGA得到表达矩阵7.第八期作为课程补充内容，讲解如何从miRbase获取人的所有miRNA名字。3... 阅2 转0 评0 公众公开 24-04-19 20:03 |
Seurat绘图报错-Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc)data.frame(guide_loc, panel_loc) : ''''''''=='''''''' only defined for equally-sized data frames小编搜索了一下，发现很多小伙伴也遇到了同样的报错。老版本的ggplot2包可以从下面的链接获取https://cra... 阅12 转1 评0 公众公开 24-04-11 20:36 |
推荐几个不错的RNA剪接位点预测网站。下面推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站：结果发现剪切变异软件在识别剪切供体区域和剪切受体区域的剪接变异表现出不同的性能。在剪切供体区间Kipoisplice，dbscSNV ADA，Spliceogen和SPiCE 的预测性能最好，而在剪切受体区间dbscSNV ADA，SPiCE，dbscSNV RF和regsnp表现更好的预测性能，这提示在进行剪接... 阅15 转0 评0 公众公开 24-04-08 19:42 |
【R语言】找不到对象%AND%.也有比较好学的粉丝，自己研究解决了这个问题。今天小编就把这个解决方案，分享给大家。在merge_TCGA_data_new文件夹中有一个directoryInput.R文件。在代码的124行，我们找到了这个奇怪的符号。只需要将这一行修改成 tags$label(label)，就可以解决这个问题了。修改后的代码如下。大家可以试试。 阅1 转0 评0 公众公开 24-03-30 08:57 |
阅2 转0 评0 公众公开 24-03-25 19:39 |
单基因GO和KEGG富集分析。但是很多情况下，我们手上可能只有一个候选基因，那么这个时候我们该如何进行GO和KEGG富集分析呢？常见的方法有两种1）找到跟这个候选基因有相互作用的其他基因，然后把这些基因一起拿去做富集分析。一般来说，存在相互作用的基因，很可能在生物体内行使形同或者相似的功能，也很大的可能存在于同一条信号通路上上面。... 阅11 转0 评0 公众公开 24-03-15 21:21 |
#安装linkcomm包install.packages("linkcomm")#加载linkcomm包library(linkcomm)#读取边文件mydata <- read.table("edges.txt",header=T,sep="\t")#去除重复的边，loopresults=edge.duplicates(mydata)#展示去除之后的结果edges_rmdp=data.frame(results$edges)names(edges_rmdp)=c("from","t... 阅6 转0 评0 公众公开 24-03-11 19:39 |
cytoscape设置字体类型。为了保证cytoscape画出来的网络图跟其他图里面的字体保持一致，例如需要使用Times New Roman字体。在cytoscape界面上找了半天没找到修改的地方。勾选Label Font Face后这个选项就会出现在Node属性列表里面了。接下来就可以通过Label Font Face来设置你需要的字体类型了。更多关于cytoscape的视频教程可以参考。cytoscap... 阅7 转0 评0 公众公开 24-03-07 19:36 |
【科研热点】分泌蛋白基因列表。这篇文章中作者也用到了胞外蛋白来跟差异表达的基因取交集。GEO数据和TCGA数据的差异表达分析，小编已经整理成了系统的线上课程? 生信交流平台线上培训课程基因集取交集绘制韦恩图，小编前面也跟大家分享过? 本地零代码韦恩图，直接导出发表级pdf图片那么如何获取分泌蛋白基因列表呢？除了这个分泌蛋白基因列表... 阅4 转0 评0 公众公开 24-02-28 19:39 |
