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两分钟简单粗暴讲miRNA名称

 闲庭之雨 2018-11-20
miRNA自从火起来,热度就一直没降过。
可是,天天和它打交道,你知道它那复杂的名字是什么意思吗?


一查资料发现更懵了,怎么看起来如此复杂?
让小编来简单粗暴地给大家讲一下miRNA命名,一些常见的基本都覆盖了。

先放一张流传甚广的miRNA命名图



一张图差不多包含了所有内容,接下来小编进行详细讲一下。

1. hsa-miR-19
该miRNA名称组成为:“物种”-“类别”-“序号”

物种:hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。
类别:mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。
序号:即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况下,数字越小,发现越早。


2. hsa-miR-19b
对于相似度非常高但又不完全相同(如:仅差一两个碱基)的成熟miRNA,加上一个英文小写字母(a,b,c,…)以示区别。


3. hsa-miR-19b-1
后面添加的阿拉伯数字是指:一些位于基因组不同部位的DNA序列能够转录加工产生同样的成熟体序列的RNA,为了对其进行区别,在后面加上不同的阿拉伯数字。


4. hsa-miR-19b-1-5p
一些pre-miRNA可以产生两个mature RNA,在对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA名称尾部加上后缀-5p和-3p以示区分,分别表明从前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。


5. hsa-miR-19b-1-5p
两个mature miRNA由同一个pre-miRNA产生,且表达量已知,那么将其中表达量低的mature miRNA尾部加上标识:*。


看到这里,可能会有疑问:前面提到的Pre-miRNA和mature RNA是指?

成熟的miRNA(mature RNA)是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的。

初级转录物(pri-miRNA)长度从几百到几千个碱基不等,带有5’端帽子和3’poly A尾巴,以及一到数个发夹茎环结构。pri-miRNA经剪切产生约70个碱基的miRNA前体,即pre-miRNA。

miRNA前体(pre-miRNA)经进一步剪切,形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。


接下来是miRNA数据库推荐:
  1. miRBase:

    http://www.

    是miRNA的主要公共数据库,提供miRNA序列,注释查询,定位,发卡序列以及命名服务。


  2. microRNA.org:

    http://www./

    miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。


  3. deepBase:

    http://deepbase./

    deepBase从新一代测序技术(深度测序技术,deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA,piRNA,siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。


  4. starBase:

    http://starbase./

    starBase 是一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站,提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。


  5. targetScan:

    http://www./vert_70/

    TargetScan是比较常用的网站,简单易懂,通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因,预测miRNA靶标假阳性率较低。


  6. TarBase:

    http://www./

    TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。


  7. miRanda:

    http://www./microrna/home.do

    miRanda是一个miRNA靶基因预测软件,适用范围广泛,不受物种限制,同时提供windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。


  8. RNAhybrid:

    https://bibiserv.cebitec./

    RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具,基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标,主要用作microRNA靶基因预测。


  9. CoGeMiR:

    http://cogemir./

    CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。


  10. miRNApath:

    http://lgmb.fmrp./mirnapath/tools.php

    miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。


  11. mirWalk:

    http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk/ 

    查找通路中的miRNA以及其靶基因,并且能够查询疾病相关miRNA。

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