知道这些数据库，轻松玩转microRNA靶基因预测 | miRNA专题

MicroRNA（以下简写为miRNA）作为临床和科研领域的明星分子，一直以来都备受研究者的青睐。我们都知道，成熟的miRNA其结构上5’端是一个磷酸基团，3’端则是羟基基团，其本身是一类非编码的短序列小RNA，miRNA发挥作用主要依赖于其对靶基因的调控。那么接下来小编就为看官们从各类网站汇总了一些常用的miRNA靶基因数据库，知道这些数据库，掌握其中一二，您就可以轻松玩转miRNA的靶基因预测。

1

miRBase

miRbase是众所周知的miRNA信息收录公共数据库，它提供了包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等全方位信息。目前已更新到22.1版本，包含271个物种，38589条前体序列、48885条成熟体序列信息。该数据库提供便捷的网上查询服务，允许用户使用名称或关键词在线搜索已知的miRNA和靶标信息（只包含已收录的miRNA信息哦）。

链接：http://www.mirbase.org/

2

TargetScan

TargetScan数据库是基于靶基因序列的进化保守特征（种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点）搜寻动物的miRNA靶基因，假阳性率低。该数据库收录了人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息，支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA预测相关的miRNA哦。物种人最新版本发布时间：2018年3月（V7.2）

链接：http://www.targetscan.org/ 

3

miRanda（microRA.org）

miRanda是一个利用生物信息学对miRNA靶基因进行预测的软件，由Sloan-Kettering纪念癌症中心的Anton Enright等人在2003年设计开发，以C语言编写。miRanda主要从miRNA与mRNA UTR序列互补性、双链的热稳定性以及靶位点的保守性三个方面进行miRNA的靶基因预测分析。针对人、大小鼠、果蝇及线虫提供miRNA靶基因预测、根据基因预测miRNA等。需选择物种，输入需要查找的miRNA，查看对应的靶基因，同时可跳转到miRBase数据库中查看。But该数据库自2010年11月之后再未更新。

链接：

http://www.microrna.org/microrna/getMirnaForm.do

4

PITA

该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能来预测miRNA 的靶标，是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含人、小鼠、果蝇和蠕虫的信息，使用者可以通过miRNA预测靶基因，也可以通过mRNA预测miRNA信息，无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。该数据库允许对靶关系的预测和下载。 

链接：

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

5

miRTarBase

该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标，同时提供支持搜索结果的文献或方法。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。该数据库可以通过不同方面进行查询，例如miRNA、gene、disease、pathway等。

链接：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

6

starBase V3.0

V3.0版本数据库收集了23个物种，多于700份CLIP-seq数据，同时辅助降解组等多种组学实验数据搜寻miRNA的靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间的关系，该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析，并分析了ceRNA机制。

链接：http://starbase.sysu.edu.cn/

7

psRNATarget

该数据库预测植物中miRNA靶基因，有三种模式可以选择：根据miRNA的信息预测其靶基因；根据基因预测miRNA；预测miRNA和基因的结合情况。

链接：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/

8

miRWalk2.0

miRWalk2.0是对之前数据库的改进提升版本(例如:miRWalk)，它是一个归档全面、可自由使用，以多种新颖方式提供关于预测性的、实验证实的miRNA靶标相互作用的集合的最大的数据库(是诸如miRWalk及其它资源所不具有的)，这为miRNA的研究提供了极大帮助。它通过自动文本挖掘和从已有的相关资源(miRTarBase, PhenomiR2.0, miR2Disease and HMDD )获得的途径，记录经实验确认过的miRNA靶标互作信息。另外，它还会提供已知的参与miRNA过程的蛋白信息。

链接：

http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/

小编今天就给大家介绍这些常用的数据库，看官们如能掌握其中一两个数据库的使用规则，即可轻松玩转miRNA的靶基因预测。当然miRNA靶基因预测分析的数据库还有很多，诸如miRDB、PicTar、RNA22、miRGen、miRNAMap、RNAhybrid、RNAhybrid等等，看官们直接百度即可检索到。

课堂提问：如何进行预测才能更加准确？

很多人认为选择多款靶基因预测软件取交集，这样的靶标结果会更可靠。小编需要提醒各位，取交集很可能会丢失一些真实靶标信息哦，并且得到的结果也可能与自己研究的方向不相符哦。我们不能盲目崇拜不同软件取交集的去伪作用，一般情况下，1款或2款软件已足以。正所谓适合自己研究方向的结果才是好的结果。