分享一个比较全面的在线DNA序列、蛋白质序列分析操作工具

在操作DNA和蛋白序列的时候，常常需要对其进行一些操作，比如比对、截取、大小。虽然有很多软件能够进行这些操作，但是有一个在线的工具还是十分方便和必要的。

    今天向大家介绍一个在线的序列分析工具：Sequence Manipulation Suite（SMS）。在线地址为：https://www./sms2/index.html。这个在线的工具包含了很多的序列操作。下面举例看一下：

1. DNA序列包含的内切酶分析。在构建质粒的时候常常需要知道目的序列里面存在哪些内切酶位点，我们可以用Primer 5来分析。当然也可以用SMS在线工具分析：

输入序列，点击“Submit”，就会罗列出序列中所有的内切酶情况：

如果内切酶不存在，在Positions中显示“none”， 如果存在，则显示位置。

2. 计算DNA或者蛋白质序列的分子量。有时候我们知道一段DNA序列或者蛋白质序列，需要知道其相对分子量，当然有一个粗略的估计公式。在这里SMS提供了DNA和蛋白质序列相对分子量的计算：

3. 许多基因的启动子区域中存在一个富含GC的区域，称CpG岛。SMS在线工具提供了序列搜索CpG岛的方法：

点击提交之后，就会得到CpG岛的位置。

4.  序列化DNA或蛋白质序列。有时候我们复制一段序列的时候会带上一些其他标记，如 行号。用SMS在线工具能够直接去掉这些标记，如下：

5. 蛋白质等电点。我们可以输入几段序列，分别得到该序列的等电点。

然后会得到如下的结果：

6. SMS在线工具还有很多其他功能，这里就不一一举例，可以登录网址查看，下面罗列出所有的功能：

Format Conversion

-Combine FASTA

-EMBL to FASTA

-EMBL Feature Extractor

-EMBL Trans Extractor

-Filter DNA

-Filter Protein

-GenBank to FASTA

-GenBank Feature Extractor

-GenBank Trans Extractor

-One to Three

-Range Extractor DNA

-Range Extractor Protein

-Reverse Complement

-Split Codons

-Split FASTA

-Three to One

-Window Extractor DNA

-Window Extractor Protein

Sequence Analysis

-Codon Plot

-Codon Usage

-CpG Islands

-DNA Molecular Weight

-DNA Pattern Find

-DNA Stats

-Fuzzy Search DNA

-Fuzzy Search Protein

-Ident and Sim

-Multi Rev Trans

-Mutate for Digest

-ORF Finder

-Pairwise Align Codons

-Pairwise Align DNA

-Pairwise Align Protein

-PCR Primer Stats

-PCR Products

-Protein GRAVY

-Protein Isoelectric Point

-Protein Molecular Weight

-Protein Pattern Find

-Protein Stats

-Restriction Digest

-Restriction Summary

-Reverse Translate

-Translate

Sequence Figures

-Color Align Conservation

-Color Align Properties

-Group DNA

-Group Protein

-Primer Map

-Restriction Map

-Translation Map

Random Sequences

-Mutate DNA

-Mutate Protein

-Random Coding DNA

-Random DNA Sequence

-Random DNA Regions

-Random Protein Sequence

-Random Protein Regions

-Sample DNA

-Sample Protein

-Shuffle DNA

-Shuffle Protein

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