【原】TBtools GUI界面工具列表....

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    作为被某群群管（非上述推荐群）视为破工具的工具之一（另一个在上一次推送的高效工具列表中且已见刊[doi: 10.1371/journal.pone.0163962]），TBtools不是一个为了高效或者为了做数据分析而写的工具。具体为什么要写他出来，我已经忘记了，也不想谈了。这两三日整理硕士做的事情，写写毕业论文，顺便想把TBtools也Lu进去，于是稍微整理，不考虑我自己比较常用的命令行接口的工具，目前TBtools界面化了的工具列表，看起来挺长，今次推送，就放一放：

（可惜，我已经不再年轻，不能再造轮子了，硕士真的已经结束了，要专心专注地做一些事情了）

TBtools下载方法：

1. 从Omicshare论坛（我觉得这是一个非常不错的论坛，也是目前见过最好的，毕竟有专门的有资金支持的团队非常负责地坚持维护，有较多有项目经验的数据分析人员坐阵）下载：

        http://www./forum/forum.php？mod=viewthread&tid=1062&highlight=TBtools

    2. 通过TBtools使用交流QQ群群共享下载：553679029

===以下，工具列表===

序列操作工具集，Sequence Toolkits

         a.Fasta序列（含区段）提取，AmazingFasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq

         b.Fasta序列合并和分割，Fasta Merge andSplit

         c.序列格式化（序列反向、互补和按指定行宽分行），SequenceManipulator

         d.NCBI序列批量下载，NCBI SeqDownLoader

         e.cDNA序列完成开放阅读框预测，Get CompleteORF

         f.序列库中引物特异性检测，Check Primers

         g.gff3/gtf序列提取，Gtf/Gff3Sequences Extractor

Blast界面化工具集，Blast

         a.调用NCBI API进行远程Blast，Remote Blast

         b.少量序列Blast比对到大序列库文件，Auto Blast SeveralSequences To a Big File

         c.少量序列比对到少量序列，Auto Blast TwoSequence Sets

         d.大序列库文件比对到大序列库文件，Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-

         e.序列比对到Fastq文件，Blast SeveralSeq To FastQ

         f.互惠Blast（用于不同序列库ID映射），ReciprocalBlast

         g.序列比对结果区段映射图绘制，Blast XMLAlignment Shower

         h.序列比对结果点阵图绘制，Blast XML Dotplot

         i.序列比对结果堆叠图绘制，Blast XML PileupGrapher

         j.BlastXML结果转换为TBtools比对结果表格，TranFormat Blast.xml to TBtools.table

         k.BlastXML结果转换为Blast表格结果，TranFormat Blast.xml to Blast Table

         l.基于测序数据的电子克隆，e-GenomeWalking ore-Race

Gene Ontology和KEGG工具集，GO andKEGG

         a.GO注释，GO Anotation

         b.GO富集，GOEnrichment

         c.GO层级统计和绘制，GO LevelCounter

         d.GO层级比较，GO LevelCompare

         e.GO注释解析，GO TermParser

         f.GO注释转换为BiNGO输入结果，Prepare GOAnnotaiton For BinGO in cytoscape

         g.KEGG通路富集工具，KEGGEnrichment Analysis

         h.KEGG通路差异表达基因描图工具，KEGG PathwayMap Drawer

其他工具集，Others

         a.取色器，Color Picker

         b.表格提取（行筛选），Table ID Manipulator

         c.表格列操作（列排序和保留），Table ColumnManipulator

         d.大文本极速查看（支持.gz压缩格式），Big TextViewer

         e.大表格极速查看（支持.gz压缩格式），Big TableViewer

         f.基于标识符号提取文本区段，Text Block Extractor

         g.表达量快速查看/比较，ExpressionShower

         h.读段计数做RPKM/FPKM/TPM标准化，ExpressionCalculator (RPKM/FPKM/TPM)

         i. 2~6组可交互韦恩图绘制，WonderfulVenn (Up to Six Sets)

         j.基于序列在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Sequence Files

         k.基于坐标在染色体上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Position Info Files

         l.基因组共线性分析结果可视化，Dual SystenyPlotter for MCscanX

About工具，About

         a.默认界面（可直接拖拽.png/.jpg图片，输出Kmeans聚类色卡），AboutTBtools

         b.debug对话框，Debug Dialog

         c.调整TBtools初始化内存，Resize JVMmemory