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重新上线 | 基因家族序列 Pfam 扫描与可视化。数年前，TBtools 有一个功能，大体是可视化 Pfam 网站批量预测的序列保守结构域。我测试了 Interpro 上 Pfam Search 的结果，认为还行。于是，干脆重新上线一个可视化功能，用于快速可视化对应结果，同时呢，配套这个推文。使用 TBtools 进行结果可视化。打开最新版本 TBtools，找到「Visualize Pf... 阅2 转0 评0 公众公开 24-05-02 11:18 |
TBtools 完成基因家族论文复现。transcript:Os03t0390200-01OsSAPK1transcript:Os07t0622000-01OsSAPK2transcript:Os10t0564500-01OsSAPK3transcript:Os01t0869900-01OsSAPK4transcript:Os04t0691100-01OsSAPK5transcript:Os02t0551100-01OsSAPK6transcript:Os04t0432000-01OsSAPK7transcript:Os03t0764800-01OsSAPK8transcript:Os12t0586100-0... 阅2 转0 评0 公众公开 24-04-30 17:33 |
随笔 | 近期生物软件开发有感。发现 TBtools BLAST 更新问题。Java 突然变得适合做生物软件开发。可以用于直接将 java 代码或者 jar 包做成二进制程序，专业术语是「native image」。于是，Java 突然变得很适合做生物软件开发。估计有不少朋友知道，我基于 IGV 代码，做了两三个工作，其中为更多人知晓的是 GSAman。说实话，我写过邮件给他们，... 阅1 转0 评0 公众公开 24-04-27 16:03 |
Osphr123_-AM1Osphr123_AM1Osphr123_-AM2Osphr123_AM2 Osphr123_-AM3Osphr123_AM3Wildtype_-AM1Wildtype_AM1Wildtype_-AM2Wildtype_AM2Wildtype_-AM3Wildtype_AM3.IRGSP-1.0.58.chr.gff3 \-o counts \-p Osphr123_-AM1.bam Osphr123_AM1.bam Osphr123_-AM2.bam Osphr123_AM2.bam Osphr123_-AM3.bam Osphr123_AM3.bam Wildtype_-AM1.bam Wildtyp... 阅5 转0 评0 公众公开 24-04-17 14:18 |
单细胞测序技术可以从单个细胞层面获取信息，解决了传统群体细胞测序技术所掩盖的细胞异质性问题。相比于 bulk RNA-seq，scRNA- seq 能够在单个细胞水平上构建每个细胞的表达 谱，从而揭示单个细胞的基因表达状态、反映细胞 间的异质性。通过单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 技术绘制遗传图谱，不仅可以帮助了解特定组织中的细胞组成类型及其遗传... 阅16 转0 评0 公众公开 24-04-13 12:12 |
这点和 TBtools-I 的文稿类似。BioAnno社区，源于「TBtools技能易物群」。为此，我想做个社区，对接两边需求，就像 TBtools技能易物群 一样。哈哈，TBtools-II 出来之后，很多朋友都还是引用了 TBtools-I。尽管大家都在用 TBtools-II 了。但是呢，还是有很多朋友直接支持了 TBtools-II，使得我们又收获一个 Hot Paper。[方式：直接文末点赞赏，... 阅9 转0 评0 公众公开 24-04-10 08:54 |
一般研究中涉及的 DNA 甲基化主要指发生在 CpG 二核苷酸中胞嘧啶上第 5 位碳原子的甲基化过程，其产物称为 5-甲基胞嘧啶（5-mC），是植物、动物等真核生物 DNA 甲基化的主要形式，也是哺乳动物 DNA 甲基化的唯一形式。个体差异和种群遗传学：WGBS 可以用于研究个体之间的 DNA 甲基化差异，进而帮助我们了解甲基化在人群中的遗传变异，这有助于... 阅4 转0 评0 公众公开 24-04-09 21:36 |
在「Yes, TBtools」技能易物社区里面，可以实现这个想法。TB币是「Yes, TBtools」网站的直接通货，为学术和科研讨论提供物质激励支持。礼品兑换，如 TBtools &chatGPT 网站 ai.TBtools.icu 或 TBtools.chat 的 Token，永久无手续费；TBtools 周边兑换（含 TBtools 鼠标垫，TBtools Candy 糖果，以及未来系列 TBtools 周边...）；「TBtools ... 阅36 转0 评0 公众公开 24-04-08 15:03 |
「Yes, TBtools」技能易物社区，问有所答，答有所获！为此，我建立了一个「TBtools技能易物群」，TBtools用户在其中，提出问题是发出悬赏红包（一般是10元以上），其他朋友解决问题后领取红包。Yes, TBtools 的使用须知。礼品兑换，如 TBtools &chatGPT 网站 ai.TBtools.icu 或 TBtools.chat 的 Token，永久无手续费；TBtools 周边兑换（含... 阅16 转0 评0 公众公开 24-04-07 07:24 |
技术介绍 | 详解 ATAC-Seq.ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5：DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导，把 DNA 序列从染色体的一个区域插入到另外一个区域的现象，类似于“剪切粘贴”。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序，而 ATAC-seq 经过实验验证，表明其能够进行单细胞测序ATAC-seq 技术的应用。ATAC-seq、CUT&am... 阅20 转0 评0 公众公开 24-04-05 10:12 |
