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写在前面最近折腾了一些生物软件开发工作，包括：
每个工作都有一两点可以分享，于是写下来，希望对做相关方面或者对我做的一些工作感兴趣的朋友，有一点点帮助。也算是吃自己的瓜。 Java 突然变得适合做生物软件开发一年多前，无意间了解到 GraalVM。可以用于直接将 java 代码或者 jar 包做成二进制程序，专业术语是「native image」。我们都很清楚，java 程序运行时依赖于 jvm。JVM 要先跑起来，然后才是 Java 程序，所以启动程序本身就会慢，再加上预热（JIT hotspot）才能达到接近 C++ 的运行速度。尽管，生物软件往往对速度的要求还不至于那么严苛，不过肯定是越快越好。 生物软件还有一个问题，就是如何分发。当然，现在很多软件已经不是软件，而是网页或者网站。不否认后者已经红红火火，因为他避免了一个部署问题，但也带来一个数据安全和网络稳定问题。相反，此处提到的生物软件，主要指的是狭义的软件，也就是桌面软件。比如 TBtools 就是桌面软件。这类软件分发时往往预期环境中有 jvm，或者就只能同时分发一个 jvm。后者更为稳健，因为虽然说java是向下兼容的，然而其实兼容性并没有想象的那么好。于是，每次都带上 100+Mb 的 JVM，自然提高了分发难度。解决这个问题的办法，以往是做 jvm 瘦身。但自从 java9 启用模块化后，其实瘦身反而不容易了。GraalVM 的出现，直接改变了这一境况。极限上来说，一个 hello world java 代码做成二进制大概是 10Mb 以下。我测试了几个不那么复杂的软件，做成二进制后大体是 20Mb+。再增加新的 java 代码，对体积影响不大了。为此，达成了三点：
于是，Java 突然变得很适合做生物软件开发。很快，加上FFM，就可以直接调用 C/C++ 库.... 或许在编程语言选择上，我还是没有选错。 基于别人的代码项目做特性开发太坑估计有不少朋友知道，我基于 IGV 代码，做了两三个工作，其中为更多人知晓的是 GSAman。GSAman 一直有一个问题，就是 IGV 界面上的菜单太长，屏幕不够显示。事实上，这个并不算 GSAman 的问题，因为 IGV 本身程序就会如此。我花了两个晚上，自己写了一个 GUI Beans，测试没问题，但是放到 GSAman 或者说 IGV 里面就失效。查看代码后，发现 IGV 本身对 Swing 的 GUI Components 已经做过许多魔改。为此，如果不捋清这些魔改，那么可能很难匹配做好菜单优化。 然而我还是没有时间去做这个事情，于是最后放弃，回到最naive的时限，直接按板块，将 GSAman Track 新增的菜单直接做二级菜单。勉为其难的搞定。不过说实话，这不是我要的结果，只是我也没得选。人有时候还是要认怂，不要去碰“屎山”代码。 普及“屎山代码”的定义：就是代码的表现很好，结果也很好，也很稳定，但是如果你去修改他.....噩梦就开始了。 NCBI BLAST 版本更新越来越放飞自我早前，有人说 TBtools 依赖的 BLAST 已经两三年没更新，提议更新。有一天我突发奇想，似乎功能变化不大，那就更新一下吧。然而是我 Too young too naive。自从更新了 BLAST ，一直出现用户问题，说比对序列这样那样问题。今天我终于还是自己测试了一下，发现也只能回退了。大体问题简述如下，具体版本不一定完全对应好：
其中，为了更好支持管道（因为 BLAST 2.10.0 之前的版本在管道支持上有明显问题），之前我用了 2.12，并为了支持中文做了不少套层优化。但是这些优化并没有兼顾到路径不能带空格这一情况，因为这个其实不合理。于是最近 TBtools 用户遇到的很多问题是由 BLAST 2.15.0 引入。 为此，我只能回退了。说实话，我写过邮件给他们，但是他们不care，我也不可能写出来一个 BLAST+，于是只能先回退到BLAST 2.120+。事实上，我觉得这个挺好的。没必要更新。 写在最后上午临时发现中午有空，于是约起齐哥、喻总两家一起吃了个告别火锅（事实上约了有大半年）。离开广州，开始倒计时。我的生物软件开发之路与这两位基友几乎是完全绑定。从他们身上学习了许多。十年前，我们在广州相识。今日之后，或许就是他们去海南旅游时才会更多碰面了。 或许下一次相聚，我们是在沙滩上，晒着太阳，喝着椰青，聊着一起做点什么.... |
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