首先介绍下基因芯片软件和工具。基因芯片分析一般对硬件要求不高,普通的PC机就能运行,但如果处理较多的数据量时,建议提高内存,如果拥有16g内存和i7的处理器基本就能快速运行所有分析了。目前基因芯片的分析工具很多,但各有优缺点。根据难易程度推荐以下三款软件和工具。 选择高级分析,点击ok。 输入arr文件,不用输入跳过这步点next。 选择算法,从还原文献中得知采用RMA。一般选择中位数作为基线。 选择你要匹配的id和注释的信息。根据文献,我们就选择ID,Gene Symbol,ENTREZ_GENE_ID和Gene Title。当然也可以选择更多信息来注释你的探针。 最后就是要输入样本的分组信息。只有知道样本的分组信息才能进行统计,没有比较就没有差异。 设定p值的阈值。 最后可以通过txt导入excel,进一步整理成发表论文的表格,这样就大功告成了。 这期就到这里了,下期将进一步实现如何把不同类型的芯片数据集整合在一起,即还原文献中以下这段过程。 关于GeneSpring的安装下载,可从官网机构邮箱注册获得,可以免费试用7天
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