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陈老师严谨惯了，不善于写吸引人的标题，生信宝典公众号的内容属于生信学习者必看，大家看到对自己有帮助的内容，多转发分享，就是对陈老师原创写作的最大支持啦~ 小伙伴们，免编程找差异的genespring软件好用吗？赵老师写了一整个系列，用还原文献的方式介绍了genespring的使用（发送大数据到后台，领说明书 查看整个系列）。
上周六，赵老师为大家在线讲解了免编程学生信-genespring挖掘数据实操，并现场解答群友提出的相关提问（qq群463367325）。赵老师会陆续将genespring推文系列在直播中给大家演示操作，并现场解答各种相关问题。
现场有一些操作演示，录音 课件图文只能还原一部分，本周六继续沙龙，大家尽可能安排时间现场收听哦~
孙老师也在现场回答了上一周群友提出的meta循证统计相关问题。 （上周提过问题但错过现场答疑的同志，仔细看推送中有没有自己的提问，领到录音好好学习……要是有追问，提前组织语言在群里追问，周六统一解答。提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀）
发送沙龙到后台，复习前几期的沙龙内容。
个别小伙伴在直播现场反映声音卡顿，画面不清晰，或者没有直播画面入口的问题，在这里特别提醒，需注意以下两点才能保证收看效果： 1. 提前安排稳定的网络环境； 2. 使用windows系统的PC观看直播。
发送SL003到后台，马上得全套现场课程录音，跟随两位老师的逻辑，开始小白的历练之路吧~ 猴哥meta沙龙提问版 问：是不是非OA期刊就不要版面费？请问下各位老师，谢谢！ 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）: nature和spring的大多数不要，其他的四大水库是要的，plos one ，oncotarget，medicine, science report et al. 附不要版面费的部分杂志的现场截图示意。 问：在用MetaDE时，这个包对数据处理时，输入数据是表达矩阵吗？ 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）: yes, you need matrix data. 问：如何找到上调下调基因？这个包没有具体说明呀，只能根据p值筛选出差异基因呀，我看猴哥这么写的，我截了图 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）:差异基因的筛选这个包里面是有的，在合并 ES，这个包有差异基因的差值，根据差值和p值，共同确定差异基因和方向。 问：我们在用MetaDE做芯片Meta分析时，要不要做芯片的同质性检查，我看了好几篇文献以及猴哥的文献，都没有提到这一点，直接用MetaDE做了分析，是不是可以直接这样用？ 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）: 没有办法做，蛮多审稿人问道这个问题。用其他的包，比如 metaGEM是可以做。差异种族和年龄。
问：请教个问题。在CBM中查找中文主题词，结果提示找不到查询相符的资源。是查询错误还是就是没有相关的主题词和自由词？ 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）:可以在pubmed 先找英文，然后找中文。 问：亲们，revman 软件 add study后排序不是按照我输入的顺序，怎么回事啊？ 答（猴哥）：现场录音解答 答（猴哥的部分文字回答）:根据 我们的 author 的首字母排列。
问：各位大咖，咨询一下，做meta分析在 cochrane library 数据库主题词搜索没有文献 只用的自由词，最后and到一起没有查到文献，把主题词当成自由词后，连同自由词一起 最后查到了文献，这样可以吗？ 答（猴哥）：现场录音解答 （类似问答点这里） 答（猴哥的部分文字回答）:先按主题词词 下位词 自由词查词。先找到主题词，在pubmed找，以pubmed为先导。 1 Colorectal Neoplasms Tumors or cancer of theCOLON or the RECTUM or both. Risk factors for colorectal cancer includechronic ULCERATIVE COLITIS; FAMILIAL POLYPOSIS COLI; exposure to ASBESTOS; andirradiation of the CERVIX UTERI. Year introduced: 1989 Select item 680031232. Colorectal Neoplasms, Hereditary Nonpolyposis
下位词 Entry Terms:
自由词 ：colorectal cancer等 genespring数据挖掘系列文章推出一年多，我们总结了读者朋友的相关常见疑问： 使用genespring时数据导入成功的关键是什么？
认真阅读说明书重要吗？
GEO数据库写文章够用吗？
数据集注释看不懂。 芯片信息、表达值都是什么鬼？ 探针对应基因和转录本分类又是什么……？
数据集选择障碍。 纠结用原始数据还是矩阵格式？ 平台、原始、矩阵、混合包怎么选？ 宝宝的论文到底需要哪部分数据？
上传的实验设计一团糟，怎么办？ 样本信息都是什么意思？ 仔细听赵老师的本次录音，就会有你需要的答案。
赵老师现场详细介绍了各种临床研究常见数据库的应用背景，演示了怎样检索、筛选GEO中的数据集，解决了怎么处理才能把数据集直接应用到文章中的问题。
现场导入数据处理中…… 现场操作演示生成的图，很漂亮有木有，非常简单哦~ 之前的课程中，我们通过数据库拿到了免费的数据，今天我们就开始分析它们了，这个过程就叫做“数据挖掘”。 首先介绍下基因芯片软件和工具。基因芯片分析一般对硬件要求不高，普通的PC机就能运行，但如果处理较多的数据量时，建议提高内存，如果拥有16g内存和i7的处理器基本就能快速运行所有分析了。目前基因芯片的分析工具很多，但各有优缺点。根据难易程度推荐以下三款软件和工具。
选择高级分析，点击ok。
输入arr文件，不用输入跳过这步点next。
选择算法，从还原文献中得知采用RMA。一般选择中位数作为基线。
选择你要匹配的id和注释的信息。根据文献，我们就选择ID，Gene Symbol，ENTREZ_GENE_ID和Gene Title。当然也可以选择更多信息来注释你的探针。 
最后就是要输入样本的分组信息。只有知道样本的分组信息才能进行统计，没有比较就没有差异。
设定p值的阈值。
最后可以通过txt导入excel，进一步整理成发表论文的表格，这样就大功告成了。 这期就到这里了，下期将进一步实现如何把不同类型的芯片数据集整合在一起，即还原文献中以下这段过程。
关于GeneSpring的安装下载，可从官网机构邮箱注册获得，可以免费试用7天
赵老师的生信沙龙提问版 问：文章PMID是多少啊？ 答（赵忻艺）：PMID: 25712376
问：如果做心血管方面研究，怎么做 答（赵忻艺）：现场录音已解答
答（赵忻艺）：现场录音已解答
问：为什么直接搜索GSE…的系列集呢？ 这个系列集怎么确定？为什么不直接搜胆管癌？请教怎么确定GSE 系列集？谢谢！ 答（赵忻艺）：现场录音已解答
问：矩阵数据我怎么知道用什么标准化的 答（赵忻艺）：现场录音已解答 答（赵忻艺）：现场录音已解答 问：从GEO下载的affymetrix公司的芯片原始数据文件，CEL结尾的，要不要先质量控制（查看芯片灰度、画箱线图、画降解曲线等）剔除一些样本，，还是可以直接使用预处理的一体化算法比如MAS5、RMA等来标准化，然后就直接可以用R语言limma包差异分析了？ 答（赵忻艺）：现场录音已解答
问：已经标准化后的矩阵用R语言什么包合适呢？谢谢 答（赵忻艺）：现场录音已解答 答（赵老师的部分文字回答）：问题太模糊，无法回答 提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀
答（赵忻艺）：现场录音已解答 答（赵老师的部分文字回答）：本次还没有讲到这里，照顾零基础的听众，从基础开始说。注意每周的直播预告，会讲到这部分的。 1.对于芯片的纳入，如国内的博奥和博芯公司的芯片探针数才8000-10000左右，而国外的几万探针，这种情况国内的芯片是否可以纳入一起研究？ 2.用R语言进行差异分析时，要进行归一化，较正处理，像昂飞公司的芯片有相应的affy.R包，博芯和博奥公司官网是否也有相应的R包下载？ 答（赵忻艺）：现场录音已解答 答（赵忻艺）：现场录音已解答 答（赵老师的部分文字回答）：有，某宝有售
答（赵忻艺）：现场录音已解答
答（赵忻艺）：现场录音已解答
答（赵忻艺）：现场录音已解答
答（赵忻艺）：现场录音已解答
问： 答（赵忻艺）：现场录音已解答 热心群友的珍藏版genespring相关学习材料 热心群友--（这里不能透露姓名但进群就能认识的）--提供了私家珍藏版的genespring相关学习材料，有需要的读者发送GX0002到后台直接领~ 群友tips：最后用程序性兼容的XP打开哦，用win7打不开：）
发送SL0000到后台，参加每周的免费线上沙龙，和赵老师现场讨论大数据挖掘问题。 注意： 生信大数据版主介绍：赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。
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