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弗雷赛斯 freescience Freescience由浙江大学医学院几个硕博士发起创建，旨在最广泛分享有价值的科研技能和知识；FreeScience的宗旨：“科学自由分享、人人平等，共求真理”。 这期继续GeneSpring GX 教程第三期，为零基础的小伙伴学习基因芯片分析提供帮助。再次声明本教程仅供学习GeneSpring使用，不得用于商业目的。最后，请大家使用试用版或者正版来分析数据，尊重知识产权。数据团队将对教程进行校对，任何问题都可以加入freescience大数据群进行交流和讨论。 GEO数据库中很多Affymetrix基因芯片大多都可以用GeneSpring GX进行分析。 1、创建新项目 1.1启动GeneSpring GX，启动后显示有3个选项： 创建新项目；打开现存项目；打开最近项目。我们选择创建新项目，按OK继续。  1.2此时显示出一个细节窗口，我们可以输入项目名称和注释。这里我们的新项目默认名“New Project”，按OK继续。  2、实验选择 2.1这时显示带有两个选项的对话框窗口：创建新实验和打开现存实验。打开现存实验允许用户将任何以前项目中的实验用到当前实验项目中。我们现在选择创建新实验，此时出现一个实验描述对话框。首先输入实验名称，我们默认“New Experiment”。然后指定的实验类型，下拉菜单中提供给用户多种实验类型的选择，我们在进行Affymetrix基因芯片分析时主要是选择“Affymetrix Expression”。  2.2接着是选择工作流程类型。点击下拉符号可以看到两种类型：工作流程导引和高级分析。工作流程导引是通过一组默认参数来协助用户创建和分析一项实验。而高级分析的参数可以改变，以适应个人需要。  3、 加载数据 3.1打开了加载数据的新对话框后，一个实验就可以利用“选择文件”或“选择样本”这两个按钮来创建。GeneSpring GX将把加载的数据文件关联到技术文件，并创建样本。这些样本被存储在系统中，并且可以通过“选择样本”来创建另一个实验。 我们点击“选择文件”，找到事先在GEO数据库下载并解压好的Affymetrix基因芯片数据的相应文件夹（这里注意一定要解压到不能再解压为止！），并选中要分析基因芯片数据文件，点击“打开”继续。  这里必须注意，如果是首次创建一个特定芯片类型的实验，必须要从GeneSpring GX更新服务器下载对应芯片型号的技术平台。可在上方工具栏点击“Annotations”→“Create Technology”→“From Agilent Server”，从对话框中选择与所要分析的芯片相应的技术平台打钩，点击“update”进行更新（此时网速很重要！）。   如果之前的实验中就已经创建过相同技术平台，GeneSpring GX将直接使用这一创建的实验来进行继续分析。点击“选择样本”将会打开样本搜索向导。利用搜索领域（使用创建日期，修改日期，名称，所有者，技术，类型这6种参数中的任意一项都可进行搜索）、搜索条件（任何4种等值参数，开始，结束，包括搜索值）进行样本搜索，从搜索向导获得的样本也可以使用添加按钮添加到实验中，或使用删除按钮被移除。  3.2选择好文件后，点击重新排序按钮，选中特定样本或文件后可以按照箭头指示上移或下移。单击OK以启用重新排序或取消恢复旧秩序。  4、工作流程向导步骤 汇总报告（步骤1）：汇总报告显示了所创立实验的汇总视图。其显示为箱式图，X轴上为样本，Y轴上为对数标准化表达值。 在顶部的信息栏里，会显示样本处理的详情。默认情况下，我们使用RMA算法，其对所有样本的中位数进行基线转换。如果样本量大于30，数据只显示在表格的一列中。 点击“下一步”键进行下一步；若点击“完成”，则将创建一个实体列表并完成分析。可通过移动屏幕上的光标选择探针，被选择探针将显示为绿色。若单击右键后点击“反转选择”，此时除被选中探针外，其他所有探针都以绿色突出显示。 注意：在工作流程向导中，这些默认参数不可修改。要使用“高级分析”来选择不同参数。  这样基因芯片已经成功导入GeneSpring软件，可以进行进一步分析了。之后将介绍如何统计分析，寻找差异基因。 赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。 |
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