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偶然看文章，发现一个还不错的生物信息学分析的软件Qlucore Omics Explorer (QOE)，非常适合没有R语言基础的童鞋用来刨一刨GEO数据库。 QOE支持的测序平台以及数据格式还是比较多的。 软件可以制作热图、散点图、箱式图、PCA分析、聚类分析等，功能也还蛮全的，此外数据接口比较友好，老少咸宜。 本宫之前也没有接触过这个软件，今天在这里也是现学现卖给大家讲讲软件的主要功能，更加具体的内容大家还是要去官网下载Tutorial看一看的。 软件的安装什么的就不多说了。下图是软件的主界面，样本信息和基因信息什么的都在左边的Sample Window里，右侧上方主要是分析的方法和具体设置，分析结果显示在Work Space中。 介绍完主界面下面讲讲软件咋用 导入数据 软件自带GEO数据集下载功能（本地的数据可以通过Open打开，不过本宫试了一下，原始数据导入之后还要下载Annotation，始终连不上服务器）。 输入一个GEO数据集的编号后（比如GSE36074），把能下载的信息都下了（通过软件下载的数据集下次从Open打开则没有任何问题）。 差异分析 导入数据之后，把Statistics这个窗口调出来 分析设置为两组间比较，分组条件为Treatment（这个条件根据自己需要制订），我们依旧采用p-value<0.05和fold change的绝对值="">2的标准。然后我们再设置一下PCA图中的点的颜色，按照Treatment的分组情况来标注颜色。 在Method栏中勾选Heat我们就可以展示差异基因的热图 在左侧我们可以把筛选出来的基因显示出来，看看具体是哪些 选中一个基因，即可在PCA图中标注该基因在所有样本中的表达情况 在View菜单中还有测序的QC报告、GSEA分析以及GO分析
数据导出 Method处选Table可以查看原始数据，左侧的保存按钮则可以导出数据
这款软件就简单地介绍到这里了~ 关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5，生信和基金篇精华合集 |
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