JBrowse版本: 1.12.1 JBrowse是GMOD项目开源的一套非常好用的基因组浏览器,继承自GBrowse,完全使用ajax技术异步加载数据,加载速度非常之快。 JBrowse的官方文档是这样介绍JBrowse的功能的:
本文介绍如何使用现在最流行的nginx来部署JBrowse: 第一步:下载JBrowse源码 到JBrowse的官网下载JBrowse的源码,例如我下载到的是:JBrowse-1.12.1.zip 第二步:解压 unzip JBrowse-1.12.1.zip 第三步:移动到nginx的目录(这里其实可以是任何目录,不过显而易见,应该把网站代码放到大家都知道的目录) sudo mv JBrowse-1.12.1 /var/www/jb 第四步:安装JBrowse依赖 cd /var/www/jbsudo ./setup.sh 第五步:配置nginx 在/etc/nginx/sites-available目录建立jb.conf文件,输入如下内容: server { listen 80; server_name localhost; access_log /var/log/nginx-jb-access.log; error_log /var/log/nginx-jb-error.log; location / { root /var/www/jb; }}
第六步:创建软链接 为啥要创建软链接呢?这个属于nginx的一个最佳实践。默认情况下/etc/nginx/sites-available目录下的配置文件nginx是不会include(nginx的一个指令,可以加载额外的配置文件),那为什么不直接把配置文件放到sites-enabled下呢,这个目录下的所有配置文件都可以被include啊?从文件夹名字我们可以看出sites-available是所有可用的配置文件,sites-enabled是所有的已被include的配置文件,我们可以把我们所有的配置文件都放到sites-avaliable,想启用哪个站点时就把这个配置文件软链接到sites-enabled文件夹下,这样就可以启用这个配置文件了。 sudo ln -s /etc/nginx/sites-available/jb.conf /etc/nginx/sites-enabled 第七步:加载新的配置文件 sudo systemctl reload nginx # 较老版本的系统可能是sudo service nginx reload 第八步:访问Volvox测试数据 安装JBrowse时,JBrowse默认会初始化一个测试基因组数据Volvox,可以通过链接:http://localhost/?data=sample...访问 好了,JBrowse的安装讲完了,后面还有JBrowse的配置、使用等文章,敬请期待。 每一个物种都需要一个数据库的挖掘平台,这个平台可以加速科研产出,方便数据挖掘和共享。 生信人因此提供数据库构建服务,技术扎实,价格公道,大家有需求的加小编微信:13895744602 |
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来自: 海陵岛的鱼 > 《Biotools》